WSI przestały działać 30 września 2006 roku. Dzień później w życie weszła ustawa o Służbie Kontrwywiadu Wojskowego (SKW) i Służbie Wywiadu Wojskowego (SWW).
Oświadczenie szefa SKW nawiązuje do niedzielnego stanowiska byłych szefów WSI. Byli szefowie WSI w stanowisku przekazanym PAP przez gen. Marka Dukaczewskiego ocenili, że "rozwiązywaniu WSI towarzyszyła atmosfera likwidacji organizacji kryminalnej, dbającej o obce interesy, a służący w WSI żołnierze i pracownicy cywilni zostali potraktowani jak pospolici przestępcy". Zaapelowali też do władz "o jak najszybsze uporządkowanie spraw związanych z działalnością wojskowych służb specjalnych". "Działania naprawcze powinny być poprzedzone analizą dokonanej w tych służbach dewastacji" - napisali b. szefowie WSI.
Jak zapewnił w oświadczeniu płk Janusz Nosek, "działalność wojskowych służb specjalnych jest uporządkowana i odbywa się na podstawie uchwalonych przez Sejm RP ustaw", a "SKW w sposób profesjonalny realizuje wszystkie zadania z zakresu swojej odpowiedzialności ustawowej, wykorzystując do tego celu przewidziane prawem środki".
Macierewicz: w ciągu 15 lat działania b. WSI doszło do wielu nieprawidłowości i przestępstw
"Kadra SKW składa się w większości z żołnierzy zawodowych, w tym wywodzących się także z b. Wojskowych Służb Informacyjnych oraz z doświadczonych funkcjonariuszy pozyskanych m.in. z cywilnych służb specjalnych" - napisał płk Nosek. Dodał, iż SKW "jest uznawanym partnerem w oczach sojuszników" i "posiada ugruntowaną pozycję międzynarodową".
W ocenie szefa SKW, z powodu umieszczenia w strukturach MON oraz nieprzystającego do współczesnych wymogów warsztatu pracy i archaicznej struktury WSI nie spełniały wymogów, jakie powinny spełniać nowoczesne służby. "Również bezrefleksyjna polityka kadrowa i organizacyjna pierwszego kierownictwa SKW nie sprzyjała właściwemu budowaniu służb wojskowych. Od listopada 2007 roku kolejne kierownictwa SKW wraz z całym zespołem żołnierzy, funkcjonariuszy oraz pracowników cywilnych właściwie realizują swoje zadania" - napisał płk Nosek.
Z kolei były przewodniczący Komisji Weryfikacyjnej WSI i były szef SKW Antoni Macierewicz w wydanym w poniedziałek oświadczeniu ocenił, iż "w ciągu 15 lat działania b. WSI doszło do wielu nieprawidłowości i przestępstw". Macierewicz wymienił m.in. "oparcie służb na aparacie sowieckim", "nielegalny handel bronią we współpracy z międzynarodowymi przestępcami", "prowadzenie inwigilacji mediów", "utrudnianie śledztwa w sprawie FOZZ" i "tolerowanie infiltracji rosyjskiej w Polsce".
Powołanym w 1991 r., a rozwiązanym jesienią 2006 r., WSI zarzucano wiele nieprawidłowości
"W tych i innych sprawach komisja weryfikacyjna skierowała do prokuratury w 2007 i 2008 r. kilkadziesiąt zawiadomień o popełnieniu przestępstwa obejmujących czyny kilkuset żołnierzy b. WSI. Sprawy te są nadal prowadzone przez prokuraturę" - napisał Macierewicz.
Powołanym w 1991 r., a rozwiązanym jesienią 2006 r., WSI zarzucano wiele nieprawidłowości, które opisano w ujawnionym w lutym 2007 r. przez prezydenta Lecha Kaczyńskiego raporcie. Na podstawie raportu wszczęto kilka śledztw w sprawie przestępstw WSI; prowadzą je różne prokuratury cywilne i wojskowe - nie wiadomo, jak są zaawansowane. Część osób wymienionych w raporcie wytoczyła procesy MON lub Macierewiczowi. Natomiast w styczniu stołeczny wydział Prokuratury Krajowej przejął od prokuratury okręgowej śledztwo nt. domniemanego niedopełnienia obowiązków przy tworzeniu raportu. Śledztwo toczy się w sprawie.
Z kolei w ubiegłym tygodniu Wojskowa Prokuratura Okręgowa w Warszawie do 30 listopada przedłużyła tajne śledztwo w sprawie związków kierownictwa b. Wojskowych Służb Informacyjnych z nielegalnym handlem bronią z lat 90. Zarzuty w sprawie od 2006 r. mają b. szefowie WSI Konstanty Malejczyk i Kazimierz Głowacki.