Dwa karawany, z odsłoniętymi szybami, w których spoczywały trumny przykryte flagami państwowymi z godłem wjechały na Wawel w asyście policyjnej.
Uroczystość ponownego pochówku miała charakter zamknięty, na Wzgórze Wawelskie nie wpuszczono ani dziennikarzy, ani osób, które nie figurowały na liście uczestników ceremonii. W ceremonii uczestniczyła najbliższa rodzina i współpracownicy Lecha Kaczyńskiego, w tym córka Marta Kaczyńska i brat Jarosław Kaczyński. Na uroczystość przybyli też m.in. prezydent Andrzej Duda wraz z małżonką Agatą Kornhauser-Dudą oraz premier Beata Szydło.
Jak informował wcześniej proboszcz parafii archikatedralnej ksiądz Zdzisław Sochacki, uroczystość pochówku pary prezydenckiej – po ekshumacji zarządzonej w ramach śledztwa w sprawie katastrofy smoleńskiej – rozpoczęła się przed Katedrą Wawelską, gdzie metropolita krakowski odmówił modlitwę w intencji ś.p. Lecha i Marii Kaczyńskich. Następnie trumny z ciałami pary prezydenckiej zniesione zostały do krypty św. Leonarda, gdzie odprawiono mszę św. za zmarłych.
Ponowny pochówek pary prezydenckiej odbył się z asystą wojskową. Liturgii przewodniczył kard. Stanisław Dziwisz, on także wygłosił homilię. Podkreślił w niej, że pamięć o ofiarach katastrofy smoleńskiej w katedrze na Wawelu – miejscu pamięci narodowej - jest nakazem historii.
Jak zaznaczył, katedra na Wawelu, w której znajdują się sarkofagi kryjące prochy królów i bohaterów narodowych, jest „księgą naszych dziejów, zmagań naszej ojczyzny, niejednokrotnie dramatycznych”, dlatego tragedia smoleńska nie mogła nie być zapisana w tym miejscu.
„Zginął prezydent z małżonką. Zginęli liderzy życia publicznego. Zginęli w służbie. Dlatego pamięć o nich w tym miejscu jest nakazem historii” - podkreślił metropolita krakowski. „Ich śmierć dotknęła głęboko cały naród, szczególnie zaś ich rodziny i przyjaciół. Byliśmy solidarni w ich żalu, a dziś modlimy się o radość życia wiecznego dla tych, którzy odeszli. Ufamy, że oni tam – w wieczności – również wspierają naszą ojczyznę, aby cieszyła się dobrobytem, pokojem oraz jednością wszystkich swoich córek i synów” - dodał.
Po mszy trumny z ciałami Lecha i Marii Kaczyńskich zostały złożone w nowym sarkofagu znajdującym się w krypcie pod Wieżą Srebrnych Dzwonów na Wawelu, ponieważ poprzedni, wykonany z onyksu, uległ uszkodzeniu podczas przeprowadzonej w nocy z poniedziałku na wtorek ekshumacji.
Nowy sarkofag jest zrobiony z białego karraryjskiego marmuru. Na jego lewym boku zostało wykute godło Polski, na prawym daty urodzin i śmierci pary prezydenckiej oraz krzyż. Znak ten jest też na płycie górnej. Daty urodzin i śmierci zostały zapisane cyframi rzymskimi.
Imiona i nazwiska pary prezydenckiej zostały zapisane tak, jak na pierwszym sarkofagu: Lech Aleksander Kaczyński i Maria Helena Mackiewicz-Kaczyńska. Litery są wycięte w kamieniu i pozłocone. Sarkofag jest o kilkanaście centymetrów krótszy i węższy, został odsunięty od ściany, dzięki czemu w krypcie będzie lepsza wentylacja i na kamieniu nie będzie osadzać się wilgoć. Trumny zostały ułożone w nim tak, jak wskazują wyryte na płycie daty urodzin i śmierci: po prawej stronie Lech Kaczyński, po lewejMaria Kaczyńska.
Ekshumacja Lecha i Marii Kaczyńskich była pierwszą z 83 zaplanowanych przez prokuraturę w śledztwie dotyczącym katastrofy smoleńskiej. Odbyła się w nocy z poniedziałku na wtorek. Badania ciał pary prezydenckiej prowadził 14-osobowy międzynarodowy zespół ekspertów w pomieszczeniach udostępnionych przez Zakładu Medycyny Sądowej Uniwersytetu Jagiellońskiego Collegium Medicum.