O rezygnacji Miłkowskiego poinformowało we wtorek Ministerstwo Spraw Wewnętrznych i Administracji. W komunikacie przesłanym przez biuro prasowe resortu zaznaczono, że rezygnacja komendanta Służby Ochrony Państwa gen. bryg. Tomasza Miłkowskiego została wcześniej ustalona z szefem MSWiA Joachimem Brudzińskim. "Nowego szefa Służby Ochrony Państwa – na wniosek ministra – powoła premier Mateusz Morawiecki" - podano w przesłanym PAP komunikacie.
Gen. bryg. dr Tomasz Miłkowski został 26 kwietnia 2017 roku powołany na stanowisko szefa Biura Ochrony Rządu przez ówczesną prezes Rady Ministrów Beatę Szydło. Po zastąpieniu BOR przez Służbę Ochrony Państwa Miłkowski kontynuował pracę jako komendant SOP.
Miłkowski karierę w formacjach mundurowych rozpoczął w 1991 roku od służby w policji, gdzie początkowo pracował w pionie prewencji Komisariatu IV w Rudzie Śląskiej. W 1995 roku, po ukończeniu Wyższej Szkoły Policji w Szczytnie, służył w pionie dochodzeniowo-śledczym Komendy Rejonowej Policji w Rudzie Śląskiej, a następnie w Wydziale do Walki z Przestępczością Gospodarczą Komendy Wojewódzkiej Policji w Katowicach.
W 2000 roku pełnił funkcje kierownicze w komórkach logistycznych i dydaktycznych w Szkole Policji w Katowicach, m.in. jako kierownik Zakładu Prawa i Psychologii. W 2010 roku powołano go na stanowisko zastępcy komendanta tej szkoły. Cztery lata później objął stanowisko zastępcy komendanta wojewódzkiego policji we Wrocławiu. Na początku lutego 2016 roku został komendantem wojewódzkim w Krakowie.
Za swoje osiągnięcia został wyróżniony m.in. Medalem Srebrnym "Za długoletnią służbę", Złotą Odznaką "Zasłużony policjant" i Brązowym Medalem "Za zasługi dla policji".