Mohammed Badie trafił za kratki w kilka dni po tym, jak wojsko siłą usunęło zwolenników Bractwa Muzułmańskiego, protestujących na dwóch kairskich placach przeciwko odsunięciu od władzy wywodzącego się spośród nich Mohammeda Mursiego.
Przywódcy Bractwa i członkowie są sukcesywnie aresztowani. Sam Mursi jest trzymany w nieznanym miejscu od czasu odsunięcia go od władzy 3 lipca po masowych demonstracjach przeciwko jego władzy. Postawiono mu zarzuty dotyczące jego ucieczki w 2011 roku z więzienia oraz nowe, dotyczące śmierci i torturowania protestujących w grudniu 2012 roku.