Sądy krajowe są sądami unijnymi. Z zasady ma być efektywnie i jednolicie

Zgodnie z zasadą autonomii instytucjonalnej państwom członkowskim UE pozostawiono swobodę kształtowania instytucjonalnego wymiaru sprawiedliwości. Tym samym prawo UE nie wskazuje organu lub sądu krajowego właściwego do rozpoznania sprawy. Państwa członkowskie muszą natomiast spełnić wymóg efektywności przepisów prawa unijnego oraz jednolitego ich stosowania. Z zasady tej wynika nakaz orzekania przez sądy krajowe na podstawie prawa unijnego i uwzględniania określonych w nim celów w wykładni prawa krajowego, z możliwością – a w pewnych warunkach obowiązkiem – występowania z pytaniami prejudycjalnymi do TSUE, a także zakaz stosowania sprzecznych z unijnym przepisów prawa krajowego. Sądy – np. polskie – należą do systemu ochrony prawnej UE, co wpływa na zakres swobody orzeczniczej.