Czy fundacje i stowarzyszenia muszą korzystać z KSeF?

W praktyce oznacza to, że część NGO będzie zobowiązana do wystawiania i odbierania faktur w systemie KSeF, inne natomiast pozostaną poza obowiązkiem wystawiania dokumentów, ale nadal będą musiały przygotować się na ich odbiór. W artykule wyjaśniamy, kiedy fundacje i stowarzyszenia podlegają KSeF, jakie obowiązki na nich ciążą oraz jak wygląda harmonogram wdrożenia systemu.

Obowiązkowy KSeF – harmonogram wdrożenia 2026/2027

Obowiązek korzystania z KSeF został rozłożony etapowo:

1 lutego 2026 r.

• obowiązek dla największych podatników (sprzedaż powyżej 200 mln zł),
• rozpoczęcie funkcjonowania systemu w trybie obowiązkowym dla wybranych podmiotów,
• możliwość odbioru faktur przez wszystkich uczestników systemu.

1 kwietnia 2026 r.

• obowiązek dla pozostałych przedsiębiorców,
• objęcie systemem większości podatników w Polsce,
• w praktyce również fundacji i stowarzyszeń prowadzących działalność gospodarczą.

1 stycznia 2027 r.

• pełne objęcie systemem najmniejszych podmiotów,
• dodatkowe uproszczenia przejściowe dla mikrofirm.

KSeF a fundacje i stowarzyszenia – czy NGO są objęte systemem?

Czy fundacje i stowarzyszenia podlegają KSeF? Tak, fundacje i stowarzyszenia podlegają KSeF, o ile spełniają przesłanki uznania ich za podatników VAT lub dokonują czynności związanych z fakturowaniem, niezależnie od ich formy prawnej i celu działania.

Od 1 lutego 2026 r. korzystanie z KSeF stało się obowiązkowe i z uwzględnieniem ustawowych okresów przejściowych obejmie wszystkich podatników VAT. Oznacza to, że system nie jest ograniczony wyłącznie do przedsiębiorców, lecz obejmuje również organizacje pozarządowe, takie jak fundacje i stowarzyszenia. Kluczowe znaczenie ma przepis art. 15 ustawy o VAT, zgodnie z którym podatnikiem może być każdy podmiot wykonujący samodzielnie działalność gospodarczą, niezależnie od celu jej prowadzenia. W konsekwencji status non-profit nie wyłącza obowiązków w zakresie fakturowania.

Obowiązek KSeF wobec fundacji i stowarzyszeń - stanowisko Ministerstwa Finansów

Powyższe znajduje bezpośrednie potwierdzenie w oficjalnym materiale Ministerstwa Finansów, tj. w dokumencie „Podręcznik KSeF w organizacjach pozarządowych” https://ksef.podatki.gov.pl/media/sklgsx10/podrecznik-ksef-w-organizacjach-pozarzadowych-v10-19022026.pdf

Zgodnie z jego treścią:

„Obowiązek ten dotyczy nie tylko przedsiębiorców prowadzących działalność gospodarczą, lecz także m.in. organizacji pozarządowych, takich jak fundacje czy stowarzyszenia, które wystawiają faktury w związku z wykonywaniem działalności o charakterze odpłatnym (uznanej za działalność gospodarczą w rozumieniu VAT) lub które otrzymują faktury zakupowe.”

Wynika z tego jednoznacznie, że:

• fundacje i stowarzyszenia są objęte KSeF, jeżeli występują jako podatnicy VAT,
• decydujące znaczenie ma charakter czynności (odpłatna działalność gospodarcza), a nie forma prawna,
• obowiązek może dotyczyć również organizacji zwolnionych z VAT, jeżeli wystawiają faktury.

KSeF także dla organizacji wyłącznie odbierających faktury

Co istotne, podręcznik wprost wskazuje również na obowiązki organizacji, które nie wystawiają faktur, lecz wyłącznie je otrzymują:

„Organizacje pozarządowe muszą przygotować się do KSeF, nawet jeśli nie będą wystawiać faktur, a będą tylko ich odbiorcami. Obowiązki związane z KSeF dotyczą bowiem także organizacji, które nie wystawiają faktur, a wyłącznie je otrzymują (np. w związku z otrzymanymi i rozliczanymi dotacjami, grantami).”

W praktyce oznacza to, że:

• KSeF obejmuje również obieg kosztowy NGO,
• organizacje muszą być przygotowane do odbioru faktur zakupowych w systemie,
• obowiązek dotyczy także rozliczeń związanych z grantami i dotacjami.

Status podatnika VAT jako kluczowy warunek

Fundacje i stowarzyszenia nie zostały wyłączone z obowiązku stosowania KSeF. Zgodnie z art. 106ga ust. 1 ustawy o VAT, obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych dotyczy podatników. Jednocześnie art. 15 ust. 1 ustawy o VAT wskazuje, że podatnikiem jest każdy podmiot wykonujący samodzielnie działalność gospodarczą, niezależnie od celu jej prowadzenia.

Oznacza to, że:

• fundacja może być podatnikiem VAT,
• stowarzyszenie może być podatnikiem VAT,
• charakter non-profit nie wyłącza obowiązków podatkowych.

W konsekwencji organizacje pozarządowe wchodzą w zakres KSeF, jeżeli wykonują czynności uznawane za działalność gospodarczą na gruncie VAT.

Zakres obowiązków fundacji i stowarzyszeń w KSeF

I. OBOWIĄZEK WYSTAWIANIA FAKTUR W KSEF (B2B)

Jeżeli fundacja lub stowarzyszenie:

• świadczy usługi na rzecz przedsiębiorców,
• dokonuje sprzedaży w relacjach B2B,
• wystawia faktury (również zwolnione z VAT),

to jest zobowiązana do wystawiania faktur w KSeF.

WAŻNE - obowiązek ten dotyczy również podmiotów zwolnionych z VAT - zarówno podmiotowo, jak i przedmiotowo.

II. BRAK OBOWIĄZKU W RELACJACH B2C

W przypadku sprzedaży na rzecz konsumentów:

• korzystanie z KSeF nie jest obowiązkowe,
• organizacja może dokumentować sprzedaż poza systemem.

WAŻNE - dobrowolne wystawienie faktury wymaga jednak jej udostępnienia odbiorcy w formie poza KSeF (np. PDF lub wydruk).

III. OBOWIĄZEK ODBIORU FAKTUR PRZEZ KSEF

Istotnym elementem reformy jest również obowiązek odbioru faktur z KSeF. Od 1 lutego 2026 r. fundacje i stowarzyszenia będące podatnikami VAT będą zobowiązane do:

• odbierania faktur zakupowych przez KSeF,
• korzystania z systemu w obiegu kosztowym.

Dotyczy to m.in.:

• usług telekomunikacyjnych,
• mediów,
• paliwa,
• usług księgowych,
• zakupów od dostawców B2B.

Wdrożenie KSeF w fundacji i stowarzyszeniach

Organizacje powinny przygotować się operacyjnie:

• wdrożenie systemu księgowego zgodnego z KSeF,
• nadanie uprawnień użytkownikom,
• określenie osoby odpowiedzialnej za fakturowanie,
• szkolenie personelu,
• aktualizacja procedur finansowych.

Zakres wyłączony z KSeF - darowizny i dotacje

Nie wszystkie przepływy finansowe w organizacjach pozarządowych podlegają KSeF. Poza systemem KSeF pozostają w szczególności:

• darowizny,
• dotacje i subwencje,
• środki z 1,5% podatku.

Wynika to z faktu, że:

• nie stanowią one wynagrodzenia za usługę,
• nie podlegają opodatkowaniu VAT,
• nie są dokumentowane fakturą.

KSeF a działalność mieszana NGO

W praktyce fundacje i stowarzyszenia mogą prowadzić działalność o charakterze mieszanym:

• działalność statutową finansowaną z dotacji (poza KSeF),
• działalność odpłatną lub gospodarczą (objętą KSeF).

Oznacza to konieczność rozdzielenia obiegu dokumentów, odrębnej ewidencji księgowej i właściwego przypisania faktur do właściwych źródeł przychodów.

Podsumowanie

Fundacje i stowarzyszenia nie są wyłączone z obowiązku korzystania z Krajowy System e-Faktur (KSeF), co oznacza, że KSeF dla organizacji pozarządowych obejmuje również sektor NGO w zakresie, w jakim pełnią one funkcję podatnika VAT. Decydujące znaczenie ma status podatnika w rozumieniu art. 15 ustawy o VAT, a nie forma prawna ani cel działalności. Oznacza to, że czy fundacja musi korzystać z KSeF zależy wyłącznie od tego, czy wykonuje działalność gospodarczą, wystawia faktury lub otrzymuje faktury zakupowe związane z prowadzoną działalnością. W praktyce KSeF a organizacje pozarządowe obejmuje zarówno obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych w relacjach B2B, jak i obowiązek odbioru faktur przez system w obiegu kosztowym. Potwierdzają to również wytyczne Ministerstwa Finansów zawarte w „Podręczniku KSeF w organizacjach pozarządowych”, które jednoznacznie wskazują, że system dotyczy także fundacji i stowarzyszeń. W konsekwencji obowiązki KSeF dla stowarzyszeń i fundacji 2026 oznaczają konieczność dostosowania procedur księgowych, obiegu dokumentów oraz systemów finansowych. Dotyczy to w szczególności organizacji, które prowadzą działalność odpłatną, rozliczają granty lub funkcjonują w modelu mieszanym (statutowo-gospodarczym).

FAQ – najczęściej zadawane pytania

Czy fundacje muszą korzystać z KSeF?

Fundacja podlega obowiązkowi korzystania z Krajowy System e-Faktur (KSeF) wtedy, gdy spełnia warunki bycia podatnikiem VAT w rozumieniu art. 15 ustawy o VAT lub wykonuje działalność odpłatną uznawaną za działalność gospodarczą. W praktyce oznacza to, że obowiązek może dotyczyć zarówno fundacji prowadzących działalność gospodarczą, jak i tych, które sporadycznie wystawiają faktury np. za usługi szkoleniowe, najem czy sprzedaż usług.

Czy stowarzyszenia są objęte KSeF?

Tak, stowarzyszenia również mogą być objęte KSeF. Jeżeli stowarzyszenie:

• świadczy usługi odpłatne,
• sprzedaje towary lub usługi firmom,
• wystawia faktury w obrocie gospodarczym,

to musi korzystać z KSeF na takich samych zasadach jak przedsiębiorcy.