Powierzenie Elżbiecie Bieńkowskiej kwestii farmaceutycznych spotkało się ze sprzeciwem m.in. socjalistów w Parlamencie Europejskim, którzy dali jasno do zrozumienia, że produkty i sprzęt medyczny nie mogą należeć do teki komisarz ds. rynku wewnętrznego. "Bezpieczeństwo pacjentów musi być naszym priorytetem" - napisali. Pojawiły się nawet spekulacje, że pod naciskiem europosłów i w związku z zarzutami o niejasne odpowiedzi polskiej kandydatki podczas przesłuchania Juncker może wyłączyć leki z jej dyrekcji i przekazać je ponownie do zdrowia.
"Myślę, że sprawa jest bardzo jasna, pani Bieńkowska wypadła na przesłuchaniu bardzo dobrze" - tak te doniesienia skomentował rzecznik Junckera, Margaritis Schinas. By rozwiać wątpliwości dotyczące zarządzania lekami, nowy szef Komisji napisał list do przewodniczącego Parlamentu, w którym podkreślił, że Elżbieta Bieńkowska będzie ściśle współpracować z komisarzem ds. zdrowia i bezpieczeństwa żywności. "Wszystkie sprawy dotyczące leków będą zarządzane wspólnie przez te dwie dyrekcje generalne" - powiedział Schinas. Nieoficjalnie wiadomo, że decyzja w sprawie ewentualnych zmian w portfolio polskiej komisarz nie zapadła. Juncker może ją jednak podjąć nawet w ostatniej chwili, czyli tuż przed głosowaniem w Parlamencie Europejskim. To od europosłów bowiem zależy, czy cała Komisja ostatecznie zostanie zatwierdzona.