Muszarraf został skazany przez specjalny sąd za wprowadzenie w 2007 r. stanu wyjątkowego, kiedy w kraju rósł społeczny sprzeciw przeciw jego rządom. Uznano go winnym złamania konstytucji i zdrady stanu. Polityk może odwołać się jeszcze do Sądu Najwyższego.
Muszarraf, który mieszka obecnie w Dubaju, nie skomentował wyroku, ale do tej pory wielokrotnie nie przyznawał się do winy. Ostatnio – w nagraniu wideo, w którym leżąc w szpitalnym łóżku, mówi, że w czasie postępowania nie został sprawiedliwe potraktowany.
Polityk jest również oskarżany o przyczynienie się do śmierci premier i liderki opozycyjnej Pakistańskiej Partii Ludowej Benazir Bhutto, której miał nie zapewnić wystarczającej ochrony. Bhutto zginęła w zamachu podczas wiecu wyborczego w 2007 r. na miesiąc przed wyborami parlamentarnymi.
Muszarraf, będąc szefem sztabu generalnego w 1999 r., przeprowadził zamach stanu, który pozwolił mu na objęcie władzy w kraju. Będąc prezydentem w latach 2001–2008 prowadził politykę nastawioną na współpracę ze Stanami Zjednoczonymi i Zachodem. To oznaczało odwrócenie się od talibów, których początkowo wspierał. Poparł ogłoszoną przez Waszyngton w 2001 r. wojnę z terrorem. Jego kłopoty zaczęły się, kiedy po wygranych w 2007 r. wyborach prezydenckich opozycja zarzuciła mu sfałszowanie wyników. To właśnie w obliczu masowych protestów podjął decyzję o stanie wyjątkowym. W kolejnym roku, w związku z szykowaną przez parlament procedurą odwołania go ze stanowiska prezydenta, ustąpił.