Sąd Okręgowy w Warszawie zdecydował, że ze względu na konieczność zachowania tajemnicy działań ochronnych Biura Ochrony Rządu, przesłuchania świadków związanych z tą formacją będą niejawne. Odbywają się one w specjalnie zabezpieczonej sali sądu, do której dziennikarze nie mają wstępu.
Mający zeznawać we wtorek świadkowie nie chcieli rozmawiać z dziennikarzem PAP. O tym, co dzieje się na niejawnej rozprawie, nie można udzielać informacji. Rozpowszechnianie publicznie wiadomości z rozprawy prowadzonej z wyłączeniem jawności jest przestępstwem, za które grozi grzywna, kara ograniczenia wolności albo do 2 lat pozbawienia wolności.
Arabski i inni podsądni nie stawili się w sądzie. Udział w rozprawie to prawo, a nie obowiązek oskarżonego.
Kolejni świadkowie z BOR mają być przesłuchiwani w czwartek, a także w piątek - kiedy ma zeznawać m.in. b. szef BOR gen. Marian Janicki. 5 czerwca świadkiem ma zaś być b. wiceszef BOR gen. Paweł Bielawny - prawomocnie skazany na 1,5 roku więzienia w zawieszeniu za nieprawidłowości przy ochronie wizyt Donalda Tuska i L. Kaczyńskiego w Katyniu, w kwietniu 2010 r.
Sądy dwóch instancji uznały, że Bielawny m.in. "dopuścił do przeprowadzenia przez dowódcę obu zabezpieczeń nienależytej analizy zadania nieuwzględniającej zagranicznego charakteru obu zabezpieczeń"; "dopuścił do wyznaczenia nienależytego składu grupy rekonesansowej"; "odstąpił od przeprowadzenia przez funkcjonariuszy BOR przed 7 kwietnia 2010 r. rekonesansu z udziałem funkcjonariuszy rosyjskich służb ochrony miejsca planowanego lądowania"; "dopuścił do zaniechania pozyskania wszystkich niezbędnych informacji o sposobie zabezpieczenia przez stronę rosyjską obu wizyt w zakresie określania zasad współdziałania ze służbami gospodarza" oraz "zatwierdził zaniżony stopień zagrożenia obu wizyt".
Prywatny akt oskarżenia złożono w sądzie w 2014 r. - po tym, gdy cywilna prokuratura prawomocnie umorzyła śledztwo ws. organizacji lotów prezydenta i premiera do Smoleńska. Oskarżycielami prywatnymi są bliscy kilkunastu ofiar katastrofy, m.in. Anny Walentynowicz, Janusza Kochanowskiego, Andrzeja Przewoźnika, Władysława Stasiaka, Sławomira Skrzypka i Zbigniewa Wassermanna. W rozprawach uczestniczą dwaj prokuratorzy.
Podsądni nie przyznają się do zarzutów. Pozostali oskarżeni to: urzędnicy Monika B. i Miłosław K. (oboje z kancelarii premiera) oraz Justyna G. i Grzegorz C. z ambasady RP w Moskwie. Grozi im do 3 lat więzienia.
10 kwietnia 2010 r. w Smoleńsku zginęło 96 osób, w tym Lech Kaczyński i jego małżonka. Śledztwo w sprawie początkowo prowadziła Wojskowa Prokuratura Okręgowa w Warszawie. Postawiła zarzuty dwóm kontrolerom lotów ze Smoleńska (dotychczas nie zdołano im ich przedstawić) oraz dwóm oficerom rozwiązanego po katastrofie 36. Specjalnego Pułku Lotnictwa Transportowego, który zajmował się transportem najważniejszych osób w państwie.
4 kwietnia 2016 r. śledztwo przejęła Prokuratura Krajowa z nowym zespołem śledczym, która poszerzyła zarzuty dla trzech w sumie rosyjskich kontrolerów lotu. Własne śledztwo prowadzi strona rosyjska, która wiele razy podkreślała, że przed jego zakończeniem nie zwróci Polsce wraku Tu-154 i jego "czarnych skrzynek".