Makowski został negatywnie zweryfikowany w czasie likwidacji WSI, a za ujawnienie jego danych w raporcie z likwidacji został po procesie przeproszony przez MON. Zdaniem Makowskiego Macierewicz jako wiceminister obrony narodowej i szef SKW złamał prawo. – Ujawnił własnych agentów, których miał pilnować, no bo takie jest jego zadanie. Antoni Macierewicz jako wiceminister skompromitował swoje stanowisko i swoje państwo – stwierdził.
Nie zgodził się również ze słowami Antoniego Macierewicza, który ocenił, że przez Makowskiego ginęli żołnierze w Afganistanie. - Odleciał. Jego opinia w tej sprawie mnie nie interesuje, bo znam opinie żołnierzy, którzy przeszli przez Afganistan. To zupełnie inna opinia i dla mnie miarodajna – mówił Makowski.