CBA kontroluje Ministerstwa Finansów oraz Spraw Wewnętrznych. Kontrola Ministerstwa Finansów rozpoczęła się 11 września, a MSW 13 września.
Rzecznik Centralnego Biura Antykorupcyjnego Jacek Dobrzyński w rozmowie z Informacyjną Agencją Radiową wyjaśnia, że kontrola w Ministerstwie Finansów dotyczy lat 2012-14 i wybranych procedur podejmowania i realizacji decyzji dotyczących udzielania zamówień publicznych przez ministerstwo. Z kolei w Ministerstwie Spraw Wewnętrznych CBA sprawdza decyzje dotyczące wsparcia finansowego, udzielania zamówień publicznych i rozporządzania mieniem przez resort. Kontrola obejmuje lata 2010-14.
Jacek Dobrzyński informuje, że kontrole potrwają co najmniej 3 miesiące ale przypomina zarazem, że ustawa daje szefowi CBA możliwość przedłużenia kontroli maksymalnie do dziewięciu miesięcy.