Podczas mszy beatyfikacyjnej na placu świętego Piotra papież wygłosił po łacinie formułę beatyfikacji:
"Spełniając pragnienie naszego brata Agostino kardynała Valliniego, naszego wikariusza generalnego dla diecezji Rzymu, wielu innych braci w episkopacie oraz licznych wiernych, po zasięgnięciu opinii Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych naszą władzą apostolską zgadzamy się, aby Czcigodny Sługa Boży Jan Paweł II, papież, od tej chwili nazywany był błogosławionym, a jego święto obchodzone mogło być w miejscach i zgodnie z regułami ustalonymi przez prawo 22 października każdego roku. W imię Ojca i Syna i Ducha Świętego".
Wcześniej kardynał Vallini odczytał sylwetkę kandydata na ołtarze.
Kardynał Vallini dziękował potem papieżowi: "Ojcze Święty, wikariusz generalny Waszej Świątobliwości dla diecezji Rzymu dziękuje Waszej Świątobliwości za to, że ogłosił dzisiaj błogosławionym Czcigodnego Sługę Bożego Jana Pawła II, papieża".
Z chwilą ogłoszenia przez Benedykta XVI Jana Pawła II błogosławionym i odsłonięcia jego portretu na fasadzie bazyliki świętego Piotra - zdjęcia wykonanego przez polskiego fotografa Grzegorza Gałązkę - ludzie zgromadzeni na placu zaczęli płakać ze wzruszenia. Był to najbardziej poruszający moment mszy beatyfikacyjnej.
Ogromnie wzruszony był papieski sekretarz, metropolita krakowski kardynał Stanisław Dziwisz.
Po wygłoszeniu przez papieża Benedykta XVI formuły beatyfikacji Jana Pawła II, do ołtarza na placu świętego Piotra przyniesiono relikwiarz z ampułką jego krwi.
Relikwiarz przyniosły dwie zakonnice, których życie jest w szczególny sposób związane z polskim papieżem.
To polska siostra sercanka Tobiana Sobótka, która pracowała w papieskim apartamencie i towarzyszyła Janowi Pawłowi II do ostatnich chwil jego życia, a także francuska zakonnica Marie Simon-Pierre ze zgromadzenia Małych Sióstr Macierzyństwa Katolickiego. Jej niewytłumaczalne z medycznego punktu widzenia nagłe wyzdrowienie z zaawansowanej choroby Parkinsona w czerwcu 2005 roku, a więc dwa miesiące po śmierci papieża, uznano za cud, przypisywany jego wstawiennictwu.
Obie zakonnice podeszły do papieża z relikwiarzem.
W homilii wygłoszonej prawie w całości po włosku Benedykt XVI powiedział: "Już sześć lat minęło od dnia, w którym zebraliśmy się na tym Placu, aby celebrować pogrzeb papieża Jana Pawła II. Ból utraty był głęboki, ale jeszcze większe było poczucie jakiejś ogromnej łaski, która otaczała Rzym i cały świat: łaski, która była owocem całego życia mojego ukochanego poprzednika, a szczególnie jego świadectwa w cierpieniu. Już tamtego dnia czuliśmy unosząca się woń świętości, a Lud Boży na różne sposoby okazywał swoją cześć dla Jana Pawła II".
"Dlatego chciałem, aby - przy koniecznym poszanowaniu prawa Kościoła - jego proces beatyfikacyjny przebiegał w sposób możliwie najszybszy. I oto nadszedł oczekiwany dzień; przyszedł szybko, ponieważ tak podobało się Bogu: Jan Paweł II jest błogosławiony" - dodał papież, oklaskiwany przez wiernych. Pozdrowił wszystkich uczestników mszy oraz tych, którzy śledzili ją w radiu i telewizji.
"Tę drugą Niedzielę Wielkanocną błogosławiony Jan Paweł II ogłosił Niedzielą Bożego Miłosierdzia. Została ona wybrana na dzisiejszą uroczystość, ponieważ mój poprzednik - z wyroku Opatrzności - oddał ducha Bogu właśnie w wigilię tej niedzieli. Ponadto dziś jest pierwszy dzień maja, miesiąca maryjnego, jest to również wspomnienie św. Józefa Robotnika. Wszystkie te okoliczności wzbogacają naszą modlitwę, pomagają nam, którzy jesteśmy jeszcze pielgrzymami w czasie i przestrzeni. O ileż bardziej świętują aniołowie i święci w Niebie. Jednak jeden jest Bóg, jeden Chrystus Pan, który niczym most łączy ziemię z niebem, a my czujemy się w tym momencie bardziej niż kiedykolwiek uczestnikami niebieskiej liturgii" - podkreślił Benedykt XVI.
Benedykt XVI przytoczył fragment testamentu swego poprzednika: "Kiedy w dniu 16. października 1978 roku konklawe kardynałów wybrało Jana Pawła II, prymas Polski, kardynał Stefan Wyszyński, powiedział do mnie: +Zadaniem nowego Papieża będzie w prowadzić Kościół w Trzecie Tysiąclecie+. Dalej czytamy: +Pragnę raz jeszcze wyrazić wdzięczność Duchowi Świętemu za wielki dar Soboru Watykańskiego II, którego wraz z całym Kościołem - a w szczególności z całym episkopatem - czuję się dłużnikiem. Jestem przekonany, że długo jeszcze dane będzie nowym pokoleniom czerpać z tych bogactw, jakimi Sobór dwudziestego wieku nas obdarował. Jako biskup, który uczestniczył w soborowym wydarzeniu od pierwszego do ostatniego dnia, pragnę powierzyć to wielkie dziedzictwo wszystkim, którzy do jego realizacji są i będą w przyszłości powołani. Sam zaś dziękuję Wiecznemu Pasterzowi za to, że pozwolił mi tej wielkiej sprawie służyć w ciągu wszystkich lat mego pontyfikatu+.".
"Ale o jaką sprawę chodzi? Chodzi o to samo, co Jan Paweł II wyraził już podczas swej pierwszej uroczystej Mszy świętej na placu św. Piotra w niezapomnianych słowach: +Nie lękajcie się! Otwórzcie, otwórzcie na oścież drzwi Chrystusowi!+. To, o co nowo wybrany Papież prosił wszystkich, sam wcześniej uczynił: otworzył dla Chrystusa społeczeństwo, kulturę, systemy polityczne i ekonomiczne, odwracając z siłą olbrzyma - siłą, którą czerpał z Boga - tendencję, która wydawała się być nieodwracalna" - powiedział papież Benedykt.
Kolejne słowa wygłosił po polsku: "Swoim świadectwem wiary, miłości i odwagi apostolskiej, pełnym ludzkiej wrażliwości, ten znakomity Syn Narodu polskiego, pomógł chrześcijanom na całym świecie, by nie lękali się być chrześcijanami, należeć do Kościoła, głosić Ewangelię. Jednym słowem: pomógł nam nie lękać się prawdy, gdyż prawda jest gwarancją wolności".
Papież wskazał: "Karol Wojtyła zasiadł na Stolicy Piotrowej przynosząc ze sobą głęboką refleksję nad konfrontacją pomiędzy marksizmem i chrześcijaństwem, skupioną na człowieku. Jego przesłanie brzmiało: człowiek jest drogą Kościoła, a Chrystus jest drogą człowieka. Kierując się tym przesłaniem, będącym wielkim dziedzictwem Soboru Watykańskiego II i jego sternika, sługi Bożego, papieża Pawła VI, Jan Paweł II prowadził Lud Boży do przekroczenia progu trzeciego tysiąclecia, który ze względu na Chrystusa mógł nazwać +progiem nadziei+. Tak, poprzez długą drogę przygotowania Wielkiego Jubileuszu, na nowo ukierunkował chrześcijaństwo ku przyszłości, Bożej przyszłości, wykraczającej poza historię, lecz również w niej zakorzenionej. Ten ładunek nadziei, który w pewien sposób został zawłaszczony przez marksizm oraz ideologię postępu, słusznie oddał on chrześcijaństwu. W ten sposób przywrócił nadziei jej autentyczne oblicze, aby móc przeżywać dzieje w duchu adwentu, osobistej i wspólnotowej egzystencji skierowanej na Chrystusa, w którym wyraża się pełnia człowieka i spełnienie jego oczekiwań sprawiedliwości i pokoju".
Homilię zakończyły osobiste wspomnienia Josepha Ratzingera: "Chciałbym na koniec podziękować Bogu za osobiste doświadczenie długoletniej współpracy z papieżem, Janem Pawłem II. Już wcześniej miałem możliwość poznania i docenienia jego osoby, lecz od 1982 roku, gdy wezwał mnie do Rzymu na prefekta Kongregacji Nauki Wiary, przez kolejne 23 lata mogłem być przy nim i coraz bardziej go podziwiać. Moja posługa była wspierana jego głęboką duchowością i bogactwem jego intuicji. Zawsze uderzał mnie i budował przykład jego modlitwy: zanurzał się w spotkaniu z Bogiem, pomimo rozlicznych trudności jego posługiwania. A potem świadectwo jego cierpienia: Pan pozbawiał go stopniowo wszystkiego, lecz on pozostawał skałą, zgodnie z wolą Chrystusa. Jego głęboka pokora zakorzeniona w intymnym zjednoczeniu z Chrystusem, pozwoliła mu dalej prowadzić Kościół i dawać światu jeszcze bardziej wymowne przesłanie, i to w czasie, gdy topniały jego siły fizyczne. W ten sposób doskonale zrealizował on powołanie każdego kapłana i biskupa: bycia jednym z Chrystusem, z Tym, którego codziennie przyjmuje i ofiaruje w Eucharystii".
Benedykt XVI modlił się do nowego błogosławionego: "Błogosławiony jesteś umiłowany Papieżu Janie Pawle II, ponieważ uwierzyłeś. Prosimy, byś nadal umacniał z nieba wiarę Ludu Bożego". I dodał zdanie, którego nie było wcześniej w tekście homilii: "Tyle razy błogosławiłeś nas na tym placu i z pałacu, dziś prosimy cię: Ojcze Święty, błogosław nam".
Na zakończenie mszy beatyfikacyjnej Jana Pawła II w niedzielę na placu świętego Piotra Benedykt XVI odmówił modlitwę Regina coeli, po której pozdrowił w kilku językach, w tym po polsku, uczestników liturgii.
Po polsku papież powiedział: "Serdeczne pozdrowienie kieruję do Polaków biorących udział w tej beatyfikacji osobiście lub za pośrednictwem środków przekazu. Pozdrawiam kardynałów, biskupów, kapłanów, osoby konsekrowane i wszystkich wiernych. Pozdrawiam przedstawicieli władz państwowych i terytorialnych, na czele z Panem Prezydentem. Wszystkich zawierzam wstawiennictwu waszego błogosławionego Rodaka, papieża Jana Pawła II. Niech wyprasza dla was i dla swej ziemskiej Ojczyzny dar pokoju, jedności i wszelkiej pomyślności".
Na mszę przybyło około 90 delegacji z całego świata. Było 16 prezydentów; wśród nich Bronisław Komorowski, prezydenci: Włoch Giorgio Napolitano, Słowacji Ivan Gasparovic, Meksyku Felipe Calderon, Bośni Bakir Izetbegović, Albanii Bamir Topi, Estonii Toomas Hendrik Ilves, Beninu Thomas Yayi Boni, Kamerunu Paul Biya, Demokratycznej Republiki Konga Denis Sassou Nguesso, Hondurasu Porfirio Lobo Sosa. We włoskiej delegacji był również premier Silvio Berlusconi oraz przewodniczący obu izb parlamentu. Nieoczekiwanie przyjechała kanclerz Niemiec Angela Merkel. Przybył uważany ze despotę przywódca Zimbabwe Robert Mugabe.
Belgię reprezentowała rodzina królewska - król Albert II z królową Paolą, Francję - premier Francois Fillon, Litwę - premier Andrius Kubilius, Węgry- premier Viktor Orban, Stany Zjednoczone i Rosję - ambasadorowie.
We mszy uczestniczyli też przedstawiciele rodzin królewskich i książęcych z Liechtensteinu (książe Hans-Adam II I księżna Marie), Luksemburga (Wielki Książe Henri i Wielka Księżna Maria Teresa), Hiszpanii (książe Filip z żoną Letizią), Zjednoczonego Królestwa ( Książe Gloucester Richard Windsor z żoną).
Przybyli również przewodniczący Komisji Europejskiej Jose Manuel Barroso, przewodniczący Parlamentu Europejskiego Jerzy Buzek i przewodniczący Rady Europejskiej Herman Van Rompuy.
Mszę koncelebrowali z papieżem kardynałowie, między innymi z Polski, oraz jeden arcybiskup - Mieczysław Mokrzycki ze Lwowa. Uczyniono dla niego wyjątek, jako dla byłego sekretarza polskiego papieża. Komunii udzielało 800 księży.