"Złożyłem legitymację, wystąpiłem z PiS i z klubu parlamentarnego PiS. Jestem bezpartyjny" - powiedział Mojzesowicz. Nie chciał szerzej komentować sprawy.
Mojzesowicz, dotychczas szef PiS w okręgu kujawsko-pomorskim, oburzył się, że wbrew jego rekomendacji i wcześniejszym obietnicom władz partii liderem listy w jego okręgu nie został miejscowy działacz Kosma Złotowski, który w przeszłości był posłem AWS i senatorem PiS.
Kandydatura Złotowskiego została zaakceptowana przez Zarząd Główny PiS 8 kwietnia, ale tego samego dnia później Komitet Polityczny zdecydował, że "jedynką" w okręgu kujawsko-pomorskim będzie Ryszard Czarnecki z Wrocławia. Mojzesowicz, który uczestniczył tylko w posiedzeniu Zarządu Głównego o zmianie dowiedział się nazajutrz z mediów.
Przed tygodniem Mojzesowicz zapowiedział, że jeżeli do 21 kwietnia władze PiS nie zmienią decyzji, to chyba nie przyjdzie mu nic innego, jak wystąpienie z PiS.
W sobotę listy do PE zaakceptowała Rada Polityczna PiS. Prezes Jarosław Kaczyński ujawnił wówczas, że pierwsze miejsce w okręgu kujawsko-pomorskim proponowano eurosposłowi Januszowi Wojciechowskiemu i Mojzesowiczowi.
Mojzesowicz przyznał, że otrzymał taką propozycję, ale już po akceptacji przez Zarząd Główny kandydatury Złotowskiego.
"Godzinę po posiedzeniu Zarządu Głównego zadzwoniono do mnie, pytając czy nie zechciałbym startować w wyborach. To było celowe posunięcie, aby przeforsować kandydaturę Czarneckiego. Wszyscy od dawna przecież wiedzieli, że mnie nie to interesuje. Oczywiście, nie zgodziłem się" - mówił wówczas PAP.
Jednocześnie poseł podtrzymał, że w przypadku braku zmiany na liście do PE w Kujawsko-Pomrskiem zrezygnuje z członkostwa w PiS, ale nie zamierza wstępować do innej partii.
Mojzesowicz w Sejmie zasiada piątą kadencję
Mojzesowicz w Sejmie zasiada piątą kadencję. Pierwszy raz posłem został w 1989 r. z listy ZSL, mając oficjalne poparcie Komitetu Obywatelskiego. Do Sejmu I kadencji trafił jako członek PSL, wybrany z ramienia Bydgoskiej Listy Jedności Ludowej.
Ponownie został posłem IV kadencji w 2001 r., startując z lity Samoobrony. Jednak w czasie kadencji odszedł z Samoobrony i założył koło Polski Blok Ludowy. Już jako członek PiS stał się posłem piątej kadencji w 2005 r.
Od 9 września do 23 października 2006 r. w kancelarii ówczesnego premiera Jarosława Kaczyńskiego był sekretarzem stanu, odpowiedzialnym za politykę rolną.
Odszedł ze stanowiska w kancelarii premiera po tym, gdy w programie TVN "Teraz My" ujawniono nagrania rozmów jego - a także Adama Lipińskiego - z Renatą Beger. Mojzesowicz rozmawiał z ówczesną posłanką Samoobrony o korzyściach - m.in. stanowisku w resorcie rolnictwa - jakie mogłaby otrzymać w zamian za poparcie rządu J. Kaczyńskiego.
Na początku czerwca 2007 r. Mojzesowicz wystąpił z klubu PiS, protestując przeciw obecności w rządzie Andrzeja Leppera. Wrócił do klubu po dymisji Leppera 10 lipca 2007 r.
31 lipca 2007 r. został ministrem rolnictwa i rozwoju wsi w rządzie J. Kaczyńskiego. Jesienią 2007 r., po raz drugi z listy PiS, został wybrany posłem na obecną kadencję.