Sąd Rejonowy oddalił 25 grudnia 2008 roku zażalenie Memoriału na postępowanie Głównej Prokuratury Wojskowej (GPW) Rosji, która odmawia rozpatrzenia wniosku tego stowarzyszenia o polityczną rehabilitację Karnkowskiego.
GPW nie chce zrehabilitować porucznika Karnkowskiego i innych ofiar zbrodni katyńskiej, twierdząc, że dokumenty dotyczące tego mordu nie zachowały się, więc nie może ona rozpatrzyć wniosku o rehabilitację polskich jeńców.