Rachunkowość i audyt

Do naszego biura rachunkowego zgłosił się klient, który nie jest czynny podatnikiem VAT, ale w ubiegłym roku przy sprzedaży środków trwałych wystawił dwie faktury z VAT. Nie był on wtedy przez nas obsługiwany, a błąd był spowodowany nieprawidłowymi ustawieniami w programie do samodzielnego prowadzenia księgowości. Co gorsza, kiedy po kilku miesiącach podatnik dowiedział się o błędnie wystawionych fakturach, nie skorygował ich, tylko wysłał deklaracje VAT i JPK_VAT. Nie wpłacił jednak VAT, gdyż w deklaracjach wyszła mu kwota do przeniesienia (wykazał też nabycia). W jaki sposób powinniśmy poprawić te rozliczenia?