Kontrole w związku z korzystaniem ze zwolnienia chorobowego mogą być przeprowadzane przez ZUS oraz przez pracodawcę zgłaszającego do ubezpieczenia chorobowego powyżej 20 ubezpieczonych. Pracodawcy, którzy zgłaszają mniej osób, mogą zwrócić się do ZUS o ich przeprowadzenie.
Pierwszą z kontroli jest kontrola formalna samego zaświadczenia lekarskiego. Polega ona na sprawdzeniu, czy zaświadczenie lekarskie nie zostało sfałszowane oraz czy zostało ono wydane zgodnie z przepisami. W razie ewentualnych wątpliwości pracodawca może zwrócić się do lekarza, który wystawił zaświadczenie, o ich wyjaśnienie.
Można również skontrolować prawidłowość wykorzystania zwolnienia lekarskiego. Celem zwolnienia jest powrót do zdrowia i odzyskanie zdolności do pracy (wyrok SN z 26 września 2001r., I PKN 638/00). Zarówno ZUS, jak i pracodawca, mogą sprawdzić, czy pracownik nie wykonuje w trakcie zwolnienia pracy zarobkowej lub w inny sposób nie narusza celu zwolnienia. Sankcją za takie zachowanie może być np. utrata prawa do zasiłku za cały okres zwolnienia.
Kontrolę przeprowadza się w miejscu zamieszkania, czasowego pobytu lub w miejscu zatrudnienia osoby kontrolowanej. Terminy kontroli nie powinny być znane osobie kontrolowanej.
Jeżeli kontrola wykaże nieprawidłowości, należy sporządzić protokół, do którego osoba kontrolowana powinna móc wpisać swoje uwagi i zastrzeżenia. Protokół przekazywany jest ZUS, w celu podjęcia dalszych kroków. Jeżeli ZUS uzna, że zwolnienie lekarskie było wykorzystywane nieprawidłowo, może wydać decyzję o utracie prawa do zasiłku chorobowego za cały okres zwolnienia.
Wobec pracownika konsekwencje może wyciągnąć również pracodawca. Pracodawcy muszą jednak pamiętać, że chcąc np. rozwiązać umowę o pracę w trybie dyscyplinarnym z powodu wykorzystywania zwolnienia niezgodnie z jego celem, muszą udowodnić, że pracownik, naruszając swoje obowiązki pracownicze, zrobił to w sposób ciężki i zawiniony (wyrok SN z 21 stycznia 1999 r., I PKN 553/98).
Kolejną z kontroli jest kontrola prawidłowości orzeczenia o chorobie i wystawienia zaświadczenia. Dotyczy ona prawidłowości merytorycznej decyzji lekarza. Przeprowadzają ją lekarze orzecznicy ZUS, a pracodawcy mogą zwrócić się o jej przeprowadzanie w okresie pierwszych 33 dni choroby w roku kalendarzowym, za które wypłacają oni wynagrodzenie