W związku z oskarżeniami o zbrodnie ludobójstwa. W 2008 roku Hiszpania wysłała za generałem Emmanuela Karenzi Karake europejski nakaz aresztowania.

Karake ma odpowiadać za serię zatrzymań i zabójstw w Rwandzie w latach 1994 - 1997. Według Human Rights Watch, siły specjalne pod jego dowództwem mordowały też cywilów w 2000 roku, podczas walk z wojskami Ugandy w kongijskiem mieście Kisangani. Jest on również oskarżony o zabójstwo trzech obywateli Hiszpanii, pracujących dla Medios del Mundo, oddziału organizacji Lekarze Świata.

Rząd Rwandy wyraził zdziwienie zatrzymaniem Karake, a wysoki komisarz Rwandy w Wielkiej Brytanii Williams Nkurunziza nazwał to "zniewagą". Rwandyjskie władze zwracają uwagę, że Emmanuel Karenzi Karake wielokrotnie do Wielkiej Brytanii przylatywał i mimo nakazu aresztowania, nie był zatrzymywany.