Ostry spór toczy się o dwa planowane odcinki trasy ekspresowej S16. Pierwszy ma przeciąć Mazury i połączyć Olsztyn z Ełkiem, gdzie spotka się z trasą Via Baltica. Do tej ostatniej arterii ma także zostać doprowadzona droga S16 od strony Białegostoku, co jednocześnie pozwoli dokończyć ważną dla rządu trasę Via Carpatia. Tyle że oba fragmenty mają przeciąć tereny cenne przyrodniczo - Wielkie Jeziora Mazurskie i Biebrzański Park Narodowy, co wzbudza protesty ekologów, części mieszkańców i samorządów. Zagrożone byłyby bowiem obszary Natura 2000, gdzie m.in. chronione są rzadkie ptaki.
Przyrodnicy twierdzą, że forsowanie budowy ekspresówki przez dolinę Biebrzy skończy się awanturą podobną do tej sprzed 15 lat, kiedy drogowcy uparli się, że obwodnica Augustowa przetnie dolinę Rospudy. Rozpoczętą wówczas budowę przerwała Komisja Europejska i rząd musiał szukać innego korytarza. Teraz organizacje ekologiczne również przekonują, że dla drogowych planów jest alternatywa.