Kandydat na stanowisko prezesa Funduszu powinien mieć wykształcenie wyższe magisterskie lub równorzędne w zakresie prawa, medycyny, ekonomii, organizacji ochrony zdrowia lub zarządzania, być obywatelem polskim, korzystać z pełni praw publicznych. Kandydować nie może osoba skazana prawomocnym wyrokiem za umyślne przestępstwo lub umyślne przestępstwo skarbowe.
Kandydat musi mieć też kompetencje kierownicze i co najmniej sześcioletni staż pracy, w tym co najmniej trzyletni na stanowisku kierowniczym, oraz wiedzę z zakresu spraw należących do właściwości Narodowego Funduszu Zdrowia.
Zgodnie z przepisami prezes Funduszu nie może być jednocześnie m.in. członkiem Rady Funduszu i rady oddziału wojewódzkiego Funduszu, pracownikiem oddziału wojewódzkiego Funduszu, świadczeniodawcą, właścicielem lub pracownikiem apteki, hurtowni farmaceutycznej lub podmiotu wytwarzającego produkty lecznicze i wyroby medyczne, posiadaczem akcji lub udziałów w spółkach prowadzących podmioty będące świadczeniodawcami.