W kontroli z 2011 roku NIK stwierdziła, że członkom zarządu ELEWARR przyznano wynagrodzenia przekraczające kwoty dopuszczalne w tak zwanej ustawie kominowej. Teraz Izba przeprowadziła kontrolę sprawdzającą i ustaliła, że prezes ARR nie wyegzekwował wynagrodzeń nienależnie pobranych przez członków rady nadzorczej, zarządu i głównego księgowego. Tym samym doszło do przedawnienia roszczeń w wysokości ponad 1,4 miliona złotych. Do tego prezes ponownie zaakceptował wynagrodzenia w wysokości przekraczającej ustawowe limity - łącznie o ponad 1,1 miliona.
NIK ustaliła również, że utworzenie w 2010 roku stanowiska dyrektora generalnego firmy i zatrudnienie na nim byłego prezesa miało na celu obejście ustawy kominowej. Z kolei prezesa ELEWARR powołano bez postępowania kwalifikacyjnego. Dodatkowo, w latach 2010-2012 mimo trudnej sytuacji spółki wynagrodzenia na stanowiskach kierowniczych wzrosły o 30 procent.
Dlatego Izba przesłała zawiadomienie do prokuratury o podejrzeniu popełnienia przestępstwa w sprawie niedopełnienia obowiązku zwrotu roszczeń w kwocie 1,4 miliona złotych i wyrządzenia spółce ELEWARR szkody majątkowej wielkich rozmiarów. NIK apeluje do ministra rolnictwa, by w porozumieniu z ministrem finansów rozważył postępowanie likwidacyjne i rozwiązanie ELEWARR-u. Oprócz braku poprawy nadzoru prezesa ARR nad firmą, NIK wskazuje też na to, że ELEWARR ma coraz mniejszą rolę w stabilizacji rynku zbóż i rzepaku.