Historyk Jerzy Eisler powiedział IAR, że Kiszczak ponosi odpowiedzialność za wszystko, co działo się w Polsce w latach 80-tych. Wchodził w skład biura politycznego Komitetu Centralnego Polskiej Zjednoczonej Partii Robotniczej. Był jednym z konstruktorów stanu wojennego ze wszystkimi konsekwencjami tego, co stało się po 13 grudnia 1981 roku.
Czesław Kiszczak jest obciążany odpowiedzialnością za śmierć dziewięciu górników strajkujących w kopalni Wujek w grudniu 1981 roku oraz za wprowadzenie wraz z generałem Wojciechem Jaruzelskim stanu wojennego. Nigdy nie trafił jednak do więzienia. Odbyło się kilka procesów w sprawie dotyczącej śmierci górników. Generał był w nich uniewinniany, skazywany albo postępowania były zawieszane lub umarzane. Ostatecznie w lipcu 2013 roku Sąd Apelacyjny zawiesił proces bezterminowo. Z kolei za udział w grupie przestępczej, która wprowadziła stan wojenny, Kiszczak został skazany (w 2012 roku) na dwa lata więzienia w zawieszeniu.
Obrońcy byłego szefa MSW wnieśli o jego uniewinnienie. Jednak ze względu na stan zdrowia oskarżonego sąd zawiesił badanie apelacji. W 2014 uznano, że generał Czesław Kiszczak może uczestniczyć w procesach sądowych. W czerwcu tego roku apelacja została oddalona, a wyrok stał się prawomocny.
Generał Kiszczak był zaangażowany także w tuszowanie morderstw księdza Jerzego Popiełuszki i Grzegorza Przemyka.