Wkrótce po beatyfikacji Jana Pawła II, 13 maja przypada 30. rocznica zamachu na jego życie, do którego doszło na Placu św. Piotra w Rzymie. Sprawcą był 23-letni Turek Mehmet Ali Agca. Wiadomość o zamachu poruszyła opinię światową.

13 maja 1981 r., kilkanaście minut po godz. 17, na początku audiencji generalnej papież stojąc w samochodzie terenowym objeżdżał plac przed bazyliką i pozdrawiał wiernych. Wtedy trzy strzały oddał do niego z odległości około dwóch metrów Mehmet Ali Agca. Jan Paweł II został zraniony w brzuch, prawy łokieć i wskazujący palec lewej ręki. Rany odniosły także dwie stojące w pobliżu kobiety.

Ciężko rannego papieża zawieziono najpierw - nie bez kłopotów ze względu na panikę, która wybuchła na placu - na teren Watykanu, przed budynek tamtejszej przychodni. Tam położono go na noszach, na ulicy. Wezwany bezzwłocznie osobisty papieski lekarz doktor Renato Buzzonetti stwierdził, że jego stan z powodu dużej utraty krwi jest bardzo ciężki. Zapadła decyzja o natychmiastowym przewiezieniu do kliniki Gemelli, położonej dość daleko od Watykanu. Jechał ambulansem, podarowanym mu przez katolickich lekarzy, który oglądał dokładnie dzień wcześniej podczas wizyty w watykańskim ośrodku medycznym.

W karetce stan papieża coraz bardziej się pogarszał, Jan Paweł II stracił przytomność. W swej ostatniej książce "Pamięć i tożsamość", wydanej w 2005 r. Jan Paweł II wspominał: "Pamiętam tę drogę do szpitala. Zachowałem jeszcze przez pewien czas świadomość. Miałem poczucie, że przeżyję. Cierpiałem, był powód do strachu, ale miałem taką dziwną ufność. Mówiłem do księdza Stanisława Dziwisza, że wybaczam zamachowcowi. Co działo się w szpitalu, już nie pamiętam".

Lekarze, którzy natychmiast przystąpili do operacji, prowadzili trwającą ponad pięć godzin dramatyczną walkę o życie Jana Pawła II ze względu na liczne wewnętrzne obrażenia i ogromną utratę krwi. Przyjęła się dopiero druga transfuzja. Gdy pierwszą organizm odrzucił, lekarze ze szpitala oddawali w pośpiechu swoją krew. Jednocześnie okazało się, że kula przeszła o kilka milimetrów od tętnicy głównej. Operacja zakończyła się po godzinie 23. i choć według pierwszego komunikatu zakończyła się pomyślnie, istniało bardzo duże ryzyko wystąpienia grożących śmiercią komplikacji pooperacyjnych.

"Cała Polska płacze" - tak jeden z dzienników określił reakcję rodaków na zamach. Świat katolicki pogrążył się we wspólnej modlitwie. Do modlitw nawoływali przywódcy innych Kościołów i wspólnot chrześcijańskich oraz religii niechrześcijańskich. Pierwsze reakcje światowych mediów mówiły o "zbrodni stulecia", "chorobie, w której pogrąża się świat". W prasie polskiej podkreślano, że strzały, które padły na Placu św. Piotra, "nie tylko ugodziły Jana Pawła II, lecz wszystkich Polaków i wszystkich ludzi dobrej woli".

"Nie ma wystarczająco ostrych słów potępienia dla zbrodniczych umysłów, w których wylągł się plan zamachu na życie duchowego przywódcy setek milionów mieszkańców wszystkich kontynentów" - pisali wówczas polscy dziennikarze. Przypominano, że "polski papież" w krótkim czasie potrafił zdobyć poważanie, sympatię i uznanie zarówno wiernych, jak i niewierzących swoją "humanistyczną postawą, działaniem na rzecz porozumienia między narodami, wybitnymi zdolnościami i energią".

Podkreślano też, że zamach to kolejny dowód, że terroryzm "nie zna świętości ani granic", i potwierdził to "brutalnie i złowieszczo, z przelaniem krwi papieskiej włącznie". "Nie pogodziliśmy się z zamachami na polityków i mężów stanu, jakie niestety zbyt często powtarzają się na różnych krańcach globu. W czasach nam bliższych nikt jednak nie podniósł ręki na jednego z najwyższych duchownych świata. Teraz linia ta została przekroczona" - stwierdzali zgodnie komentatorzy prasowi.

W niedzielę 17 maja w południe cały świat usłyszał głos papieża, który za pośrednictwem Radia Watykańskiego nagrał przemówienie, poprzedzające modlitwę Regina Coeli. Powiedział wtedy m.in.: "Jestem szczególnie bliski dwóm osobom zranionym wraz ze mną oraz modlę się za brata, który mnie zranił, a któremu szczerze przebaczyłem. Zjednoczony z Chrystusem, Kapłanem-Ofiarą, składam moje cierpienie w ofierze za Kościół i świat. Tobie, Maryjo, powtarzam: +Totus Tuus ego sum+".

3 czerwca Jan Paweł II powrócił do Watykanu rozpoczynając rekonwalescencję. Jednak 17 dni później okazało się, że konieczna jest ponowna hospitalizacja z powodu komplikacji. Lekarze postanowili zatrzymać papieża w klinice aż do 13 sierpnia. Tego dnia w oficjalnym komunikacie medycznym poinformowano o pomyślnym zakończeniu leczenia pooperacyjnego.

Agca, schwytany przez policję już kilka minut po zamachu, został najpierw umieszczony w areszcie w policyjnym wydziale do walki z terroryzmem, a następnie w rzymskim więzieniu Rebibbia. Podczas trwającego 53 dni śledztwa wielokrotnie zmieniał zeznania, bądź odmawiał udzielania odpowiedzi, co prowadzących śledztwo utwierdziło w przekonaniu, że jest chorobliwym kłamcą.

Jego proces rozpoczął się w Rzymie 20 lipca 1981 r. Na sali sądowej zamachowiec siedział w kabinie ze szkła kuloodpornego, strzeżony przez karabinierów. Oskarżono go nie tylko o próbę zamordowania papieża, ale również o zranienie dwóch kobiet stojących w tłumie wiernych, nielegalne posiadanie broni oraz posługiwanie się fałszywymi dokumentami. Zaledwie po trzech dniach procesu, 22 lipca Agca otrzymał najwyższy możliwy we Włoszech wymiar kary - dożywocie. 27 grudnia 1983 r. odwiedził go w więzieniu Jan Paweł II.

Papież wybaczył mu próbę zabójstwa, a władze włoskie zwolniły z więzienia na podstawie aktu łaski w 2000 r. i przekazały władzom tureckim. Resztę kary odbywał w więzieniu w Sincan pod Ankarą za zabójstwo dziennikarza z 1979 r., gdy działał w nacjonalistycznej organizacji Szare Wilki. Agca wyszedł z więzienia 18 stycznia 2010 r.

Bezpośrednio po zamachu nie były znane motywy, które pchnęły jednego lub więcej zamachowców do tego czynu. Pisano wówczas jedynie o tym, iż znajomość faktów i okoliczności zamachu muszą być podane do wiadomości opinii publicznej, podkreślano, że "nic nie może zamazać haniebnego targnięcia się na życie Jana Pawła II".

"Rozkaz zabicia Jana Pawła II wyszedł bezpośrednio od KGB" - ujawnił Konstantin Karadzow - były szef bułgarskiego odpowiednika KGB, Dyrżawna Sigurnost. Fragmenty jego wypowiedzi nadała w 1991 r. telewizja włoska RAI-Uno. "Moskwa głęboko zaniepokojona polityką wschodnią +papieża z Polski+ obawiała się, że sama jego obecność na Stolicy Piotrowej wpłynie destabilizująco na cały system wpływów radzieckich we wschodniej i środkowej Europie. Przeprowadzenie zamachu zostało powierzone służbom wywiadowczym podlegającym bułgarskiemu odpowiednikowi KGB" - powiedział Karadzow.

Od pamiętnego 13 maja nic w tej sprawie nie zostało wyjaśnione do końca. Wszystko pozostaje na etapie poszlak i domysłów.

Bułgaria uważa kwestię tzw. bułgarskiego śladu w zamachu za zamkniętą jeszcze w roku 1986 - oświadczyła w 2005 r. wiceminister spraw zagranicznych Gergana Grynczarowa. Z prawnego punku widzenia problem został rozwiązany po uprawomocnieniu się wyroku uniewinniającego obywatela Bułgarii Sergeja Antonowa z zarzutu udziału w przygotowaniach do zamachu - powiedziała Grynczarowa. Wyrok wydany przez włoski sąd uprawomocnił się w marcu 1986 r. Antonow był szefem biura bułgarskich linii lotniczych w Rzymie. Miał on pomagać Agcy.

Od 2006 roku ewentualny udział polskich służb specjalnych w zamachu na papieża Jana Pawła II bada IPN. Ma się ono wkrótce zakończyć umorzeniem. IPN ma także wydać zeznania Ali Agcy przed włoskimi organami ścigania.