Muzeum Historii Żydów Polski jest prowadzone przez miasto stołeczne Warszawa, ministra kultury i Stowarzyszenie Żydowski Instytut Historyczny. Dyrektora powołała prezydent Warszawy w porozumieniu z ministrem kultury i po uzyskaniu zgody Stowarzyszenia ŻIH.
Rudzińska-Rytel zastąpiła Jerzego Halbersztadta, który zrezygnował z funkcji szefa muzeum, argumentując m.in., że prowadzona przez niego placówka od kilku lat miała trudności w uzyskaniu funduszy publicznych pozwalających przygotować ją do otwarcia i finansować bieżącą działalność.
Rudzińska-Rytel do tej pory była wicedyrektorem muzeum ds. komunikacji i programów publicznych. Odpowiadała m.in. za wizerunek oraz za współpracę z partnerami europejskimi. Jest również członkiem komitetu założycielskiego Stowarzyszenia Żydowski Instytut Historyczny.