W 2026 r. większość polskich podatników VAT (nie tylko ci zarejestrowani jako czynni) będzie zobligowana do stosowania faktur ustrukturyzowanych. Krajowy System e-Faktur obejmie również jednostki ze sfery budżetowej będące podatnikami VAT. Mimo że ustawodawca wprowadził różne, prawnie dopuszczalne terminy wdrożenia odpowiednich procesów i stosowania faktur ustrukturyzowanych, należy się spodziewać, że wiele z nich będzie objętych obowiązkiem w tym zakresie już od lutego 2026 r. Trzeba przy tym zastrzec, że nie chodzi tutaj o jakieś szczególne regulacje dla tej grupy podatników VAT, a zastosowanie wobec nich tych o charakterze ogólnym (powszechnym).

Etapy wdrażania KSeF

Zasadniczo faktury ustrukturyzowane będą musiały być wystawiane do transakcji pomiędzy podatnikami od 1 lutego 2026 r., jednak duża grupa podmiotów będzie mogła stosować dotychczasowe reguły dokumentowania do końca marca 2026 r. Chodzi o podatników, którzy w 2024 r. dokonali sprzedaży o wartości brutto nieprzekraczającej 200 mln zł.

Inny termin dotyczy podatników, u których miesięczna sprzedaż brutto, w zakresie, w jakim jest dokumentowana fakturami, nie przekroczy 10 tys. zł. Dopóki nie wystawią w miesiącu faktur na łączną kwotę brutto 10 tys. zł, nie będą zobligowani do wystawiania faktur ustrukturyzowanych. Taki stan będzie trwał do końca 2026 r., co oznacza, że przy spełnieniu wymienionego warunku podatnicy ci zostaną włączeni do fakturowania z wykorzystaniem KSeF dopiero od 2027 r.

Ważne: Prawodawca nie wprowadził dla jednostek sfery budżetowej odrębnego momentu rozpoczęcia stosowania faktur ustrukturyzowanych.

Nie jest to jednak dobra informacja, zwłaszcza dla jednostek samorządu terytorialnego czy raczej dla ich jednostek organizacyjnych. Trzeba bowiem przypomnieć, że w wyniku centralizacji, która miała miejsce kilka lat temu (od 2017 r.) podatnikami VAT są JST, a nie ich poszczególne jednostki. To z kolei oznacza, że badając, od kiedy konieczne będzie wystawianie faktur ustrukturyzowanych, należy wziąć pod uwagę wartość sprzedaży całej JST będącej podatnikiem VAT, a nie jej poszczególnych jednostek organizacyjnych, które nie mają samodzielnego indywidualnego statusu podmiotowego w VAT.

Uwaga! Skutek tego będzie taki, że nawet najmniejsze jednostki organizacyjne JST, której sprzedaż brutto w 2024 r. przekroczyła 200 mln zł, będą zobligowane do stosowania KSeF już od 1 lutego 2026 r.

Trudności i ułatwienia w przypadku jednostek ze sfery budżetowej

Złożona struktura organizacyjna podatników w bezpośredni sposób przełoży się na trudności we wdrażaniu KSeF. Zwłaszcza w przypadku JST może to być szczególnie wymagające ze względu na specyfikę ich zcentralizowanego statusu podatnika VAT. W istocie jeden podatnik, skupiający wiele jednostek, musi bowiem zapewnić jednolite i sprawne funkcjonowanie systemu fakturowania w całej organizacji, a przede wszystkim konieczna jest identyfikacja i przyznanie poszczególnym jednostkom oraz zatrudnionym w nich osobom odpowiednich uprawnień.

Ważne:Co prawda ustawodawca nie zamierza wprowadzić żadnych specyficznych regulacji dla jednostek ze sfery budżetowej, w tym JST, jednak na poziomie infrastrukturalnym przewiduje dla nich szczególne rozwiązanie.

Otóż w aktualnej wersji schemy FA (3), która będzie miała zastosowanie do faktur ustrukturyzowanych, jest możliwość prezentacji danych nie dwóch, ale trzech podmiotów. Oprócz świadczącego i nabywcy w niektórych fakturach będą dodatkowo prezentowane dane w bloku Podmiot3. W założeniu, dotyczyć będą trzeciego podmiotu, który w jakiś sposób bierze udział w transakcji lub w jej dokumentowaniu. Ale w przypadku transakcji JST jako Podmiot3 wcale nie będzie wykazywany trzeci uczestnik. W takiej sytuacji dane przywołane w komórkach bloku Podmiot3 będą służyły przyporządkowaniu (skierowaniu) faktury zakupowej do odpowiedniej jednostki organizacyjnej JST. Z kolei jeżeli dokument taki będzie potwierdzał sprzedaż JST, wtedy w danych Podmiotu3 znajdą się dane jednostki organizacyjnej, która dokonuje sprzedaży.

Co ważne, w bloku tym – zarówno w fakturze zakupowej, jak i sprzedażowej – będzie konieczne zamieszczenie indywidualnego numeru podatkowego danej jednostki organizacyjnej (NIP lub IDWew), będącej jednostką podporządkowaną w relacji z gminą jako podatnikiem VAT. Podkreślić trzeba, że będą to dane dodatkowe, oprócz danych podatnika (w tym numeru VAT), które znajdą się odpowiednio w bloku Podmiot1 lub Podmiot2.

Jednostka organizacyjna podporządkowana musi w bloku Podmiot3 zdefiniować również swoją rolę, oznaczając ją odpowiednio jako:

  • „7” JST-wystawca lub
  • „8” JST-odbiorca.

Uwaga! Zasadniczo nie jest obowiązkowe uzupełnianie danych Podmiotu3, jednak jest to konieczne w przypadku, gdy w bloku Podmiot1 lub Podmiot2 jako „1” zostanie oznaczone pole JST wskazujące, czy dokument dotyczy jednostki podrzędnej JST.

Trzeba przy tym wskazać, że znacznik jednostki podrzędnej JST w Podmiocie1 i Podmiocie2 musi być uzupełniony, zatem gdy faktura nie dotyczy takiej jednostki, należy wpisać „2”. To wymusza każdorazową analizę po stronie wystawcy, dzięki której jest szansa na to, że faktury będą trafiały do odpowiedniej jednostki organizacyjnej w ramach podatnika, którym jest JST.

Taki sposób uzupełniania danych w blokach Podmiot1, Podmiot2, a także identyfikacja Podmiotu3 może w istotny sposób ułatwić obieg faktur w jednostce samorządowej, zwłaszcza w procesie zakupu. Z tego powodu należy w procesie wdrożenia KSeF uwzględnić, zaprojektować i przyznać odpowiednie kompetencje poszczególnym pracownikom, a także przygotować kontrahentów, wymuszając na nich odpowiednie oznaczenia w schemie faktury. Jak zwracają uwagę księgowi jednostek podrzędnych, stosunkowo niedawno, po centralizacji oduczali kontrahentów posługiwania się ich wcześniejszymi numerami podatkowymi, które były dla nich właściwe jako samodzielnych podatników VAT, a teraz znów będą wymagać odpowiednich oznaczeń, a także wskazywania numeru podatkowego.

Zdecydowanie trzeba, ale również warto tak ustawić procesy, aby dzięki właściwym oznaczeniom faktury trafiały we właściwe miejsce w ramach całego podatnika. [przykład 1]

Przykład 1

Zakład usług komunalnych jako nabywca

Gminna jednostka organizacyjna – zakład usług komunalnych kupuje usługi doradztwa podatkowego. Ze względu na to, że podatnikiem jest gmina, a nie zakład usług komunalnych, w fakturach jako dane nabywcy zostały wskazane dane gminy. Przed wprowadzeniem obowiązkowego KSeF faktura jest fizycznie dostarczana, za pośrednictwem poczty elektronicznej, do zakładu, na adres e-mail tej jednostki.

W przypadku dokumentowania usługi za pomocą faktury ustrukturyzowanej dowód taki będzie dostarczony za pomocą systemu do gminy, co oznacza konieczność dodatkowego przyporządkowania i przesłania dokumentu do zakładu usług komunalnych. Dzięki oznaczeniu w sekcji Podmiot2 pola JST „1” i wpisaniu w sekcji Podmiot3 danych (w tym numeru) zakładu usług komunalnych dokument – tak jak do tej pory – będzie dostarczony bezpośrednio do zakładu, co pozwoli jego sprawne rozliczenie i terminową zapłatę wynagrodzenia świadczącemu.

Uwaga! W przypadku sprzedaży dokonywanej przez jednostkę podrzędną prawidłowe oznaczenia w bloku Podmiot1 oraz uzupełnienie danych Podmiotu3 pozwoli na łatwiejszą prezentację faktury sprzedaży w rozliczeniu JPK_V7 jednostki samorządu terytorialnego.

Wprawdzie wprowadzenie w blokach Podmiot1 i Podmiot2 pól JST odnoszących się do jednostek podporządkowanych, które muszą być w jakiś sposób uzupełnione („1” na tak, „2” na nie), wymusi działanie po stronie wystawcy faktury, niewątpliwie trzeba liczyć się z tym, że i tak, przynajmniej w początkowym okresie stosowania obowiązkowo KSeF, nie zawsze oznaczenia takie będą prawidłowo używane. Wobec tego rekomendowane jest wdrożenie w ramach przygotowania do stosowania KSeF procesu weryfikacji i przyporządkowania faktur zakupowych, które wpłynęły do jednostki samorządu terytorialnego, ale nie zostały przypisane do jednostki podrzędnej.

Przykład 2

Błędnie przyporządkowane faktury

Gminna jednostka organizacyjna – zakład usług komunalnych kupuje różne usługi związane z jego działalnością, m.in. sprzątania i obsługi nieruchomości. Ze względu na to, że podatnikiem jest gmina, a nie zakład usług komunalnych, w fakturach jako dane nabywcy zostały wskazane dane gminy. Przed wprowadzeniem obowiązkowego KSeF faktury były fizycznie dostarczane, za pośrednictwem poczty elektronicznej, do zakładu, na adres e-mail tej jednostki.

Po wprowadzeniu obowiązkowego KSeF, jeśli główna księgowa zakładu stwierdzi, że spływa do niej znacznie mniej dokumentów zakupowych niż we wcześniejszym okresie, musi zwrócić się do działu księgowego gminy, by odszukać faktury zakładu. W związku z taką sytuacją należy podjąć decyzję o tym, by wdrożyć procedurę, w ramach której szczególnej weryfikacji będą poddawane faktury, które wpłyną na ogólny profil gminy, bez ich przyporządkowania do poszczególnych jednostek.

W ramach innych jednostek ze sfery budżetowej nie zostały przewidziane szczególne znaczniki, dzięki którym dokument trafiałby do właściwej komórki. Jednak w Podmiocie3 mogą zostać wskazane dane innych jednostek niż zaprogramowane w ramach schemy w drodze wpisania „1” w polu RolaInna i opisania funkcji tej roli w polu OpisRoli, przy czym w założeniu jest to opis dla podmiotu trzeciego.

Dwa różne systemy: KSeF a PEF

Osoby zajmujące się podatkami w sferze budżetowej często zastanawiają się nad tym, jaka będzie relacja faktur wystawianych z zastosowaniem KSeF do faktur emitowanych z wykorzystaniem PEF (Platformy Elektronicznego Fakturowania).

Należy podkreślić, że są to dwa różne systemy elektroniczne. System PEF służy do wymiany dokumentów w ramach realizacji zamówienia publicznego. Jak zostało wskazane na stronach resortu finansów: „Docelowo, przed terminem obowiązkowego użytkowania KSeF, planuje się dopuszczenie w systemie KSeF ruchu obsługiwanego przez Access Pointy sieci Peppol, w tym PEF. Faktury przygotowane w standardzie Peppol i wymieniane w ramach sieci będą mogły być wymieniane wyłącznie dla obsługi zamówień publicznych.” (źródło: https://efaktura.gov.pl/uslugi-pef/pef-a-ksef/).

Co jednak ważne, odpowiednie rozwiązanie zostanie zapisane w art. 106gb ust. 7 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz.U. z 2025 r. poz. 775). Zgodnie z nim faktura z PEF po przesłaniu do KSeF i przydzieleniu numeru identyfikującego fakturę w tym systemie będzie uznawana za fakturę ustrukturyzowaną.

Podsumowanie

Chociaż prawodawca nie przewidział wielu szczególnych rozwiązań dla jednostek ze sfery budżetowej, to ponad wszelką wątpliwość podatnicy tacy przy wdrożeniu KSeF muszą uwzględnić swoją specyfikę. Oznacza to, że muszą korzystać przy tym z oprogramowania, które jest przystosowane do ich specyfiki, a także opierać się na wsparciu doradców i specjalistów, którzy nie tylko znają się na podatkach i zgłębili zagadnienia związane z wprowadzeniem i stosowaniem faktur ustrukturyzowanych, lecz także szczególne środowisko funkcjonowania takich podmiotów. Z całą pewnością jednostki te powinny już teraz wdrażać KSeF, działając przy tym na podstawie o dobrze przygotowanego planu. ©℗