Według strasburskiego Trybunału, ani postępowanie karne, ani rozprawa sądowa nie nosiły znamion procesu politycznego. Jednocześnie europejscy sędziowie uznali, że nie naruszono w przypadku Michaiła Chodorkowskiego, jak i jego biznesowego partnera Płatona Lebiediewa prawa do sprawiedliwego procesu.
Trybunał uznał, że rosyjski sąd orzekł wobec Chodorkowskiego zbyt wysoką grzywnę i zobowiązał władze Rosji do wypłacenia biznesmenowi 10 tysięcy euro rekompensaty. Znana rosyjska obrończyni praw człowieka Ludmiła Aleksiejewa nazwała decyzję Trybunału „zbyt łagodną i tchórzliwą”. Międzynarodowe organizacje obrońców praw człowieka uznają Michaiła Chodorkowskiego za więźnia politycznego.