W październiku 2016 r. wydział spraw wojskowych prokuratury postawił zarzuty przekroczenia uprawnień b. szefowi SKW gen. Januszowi Noskowi i jego następcy gen. Piotrowi Pytlowi (obaj zgodzili się na używanie pełnego nazwiska) - oraz oficerowi SKW Krzysztofowi D. Grozi im do 3 lat więzienia. Jak podała prokuratura, chodzi o przekroczenie uprawnień w związku z funkcjonowaniem SKW, m.in. o podjęcie współpracy ze służbą obcego państwa bez wymaganej zgody prezesa Rady Ministrów.
Rano na polecenie prokuratury Żandarmeria Wojskowa zatrzymała b. szefa SKW gen. bryg. rez. Piotra Pytla; został on dowieziony z Krakowa do prokuratury w Warszawie. Szef MON Antoni Macierewicz powiedział, że wobec Pytla prowadzone jest śledztwo i stawiane są mu zarzuty w związku z nielegalnym współdziałaniem z rosyjską Federalną Służbą Bezpieczeństwa.
Tomasz Siemoniak komentując tę sprawę w "Faktach po Faktach" TVN, ocenił, że Antoni Macierewicz swoim zachowaniem pokazuje, że "jest potencjalną ofiarą rekonstrukcji rządu". - "Chce się pokazać jako ten skuteczny minister i od wielu tygodni opowiada niestworzone rzeczy; zakupuje sprzęt za dziesiątki miliardów i myślę, że ta akcja jest z tym związana - uważa Siemoniak.
Dopytywany, komu szef MON chce się przypodobać swoim zachowaniem, Siemoniak powiedział: - Myślę, że on myśli, że prezesowi PiS, Jarosławowi Kaczyńskiemu.
- Wszystkie przyspieszone ruchy prokuratury rozpoczęły się po emisji reportażu w sobotnim "Superwizjerze" TVN o major Magdzie; wtedy w czwartek doręczono wezwania do generałów Pytla, Noska i pułkownika D., prokuratura postanowiła działać bardzo szybko, by odwracać uwagę od tego, że Antoni Macierewicz stoi w centrum bardzo poważnych podejrzeń - uważa Siemoniak.
W jego opinii zachowanie ministra Macierewicza opiera się na metodzie "łapaj złodzieja". - To oni są szpiegami rosyjskimi - chce powiedzieć Antoni Macierewicz - a nie ja - powiedział Siemoniak.
Jak podkreślił, sprawa postępowania prokuratury wobec b. szefów SKW "w samym PiS-ie budzi mieszane uczucia". - Przecież gen. Nosek, członek słynnej trójki, którą ściga Antoni Macierewicz, parę tygodni temu odebrał poświadczenie bezpieczeństwa, które mu ABW przywróciła - wskazał polityk PO. - To czy on jest groźnym rosyjskim szpiegiem, czy zasługuje na poświadczenie bezpieczeństwa? To się kupy nie trzyma - dopytywał Siemoniak.
- Macierewiczowi pali się grunt pod nogami i boję się, co on się zacznie jutro, pojutrze robić - podkreślił b. szef MON. - Niech prezes PiS w końcu zdecyduje się zdecyduje na rekonstrukcję rządu, bo Polska może nie wytrzymać ministra obrony narodowej, który tak się zachowuje - zaapelował b. szef MON do prezesa PiS Jarosława Kaczyńskiego. Jak dodał, dalsze "dziwne zachowanie Antoniego Macierewicza pozostawi Polskę na marginesie" światowej polityki.