O uniewinnienie Kratowa wnioskował prokurator, który - powołując się na opinię biegłych - uznał, że były wicenaczelnik więzienia jednak nie ponosi winy za śmierć Magnitskiego, gdyż przyczyną zgonu prawnika była "niewydolność serca", spowodowana "obciążeniami fizycznymi" lub "stresem psychoemocjonalnym".
Wcześniej prokurator postawił Kratowowi zarzut "lekceważenia obowiązków służbowych, co skutkowało śmiercią człowieka". Według prokuratura nie kontrolował on podległego mu personelu medycznego i nie zwrócił należytej uwagi na prośby pacjenta.
Oskarżony nie przyznawał się do winy. Jego obrona twierdziła, że nie miał on osobistego kontaktu ze zmarłym prawnikiem i że uczyniono z Kratowa "kozła ofiarnego".
Zmiana w stanowisku prokuratora nastąpiła po uchwaleniu przez Kongres USA ustawy wprowadzającej sankcje przeciwko przedstawicielom władz Rosji odpowiedzialnym za naruszanie praw człowieka.