Według nowych ustaleń łódzkiej prokuratury do zabójstwa doszło w wyniku napadu rabunkowego z użyciem broni palnej. Sprawcy zmierzali ukraść samochód należący do Papały. Podczas napadu jeden z mężczyzn oddał śmiertelny strzał do b. komendanta policji.
25 czerwca 1998 r. Papała, wtedy już były komendant główny policji, został zastrzelony w Warszawie, w samochodzie przed blokiem, w którym mieszkał. Sprawę zabójstwa prowadziła warszawska prokuratura. W toku śledztwa rozpatrywano 11 wersji. Przedłużano je już wiele razy. W śledztwie przesłuchano ok. 400 świadków; kilkudziesięciu wiele razy. Czynności śledcze podejmowały UOP, ABW i prokuratura m.in. w USA, Szwecji, Austrii i Niemczech.
W sprawie zabójstwa Papały Prokuratura Apelacyjna w Warszawie oskarżyła gangsterów: Ryszarda Boguckiego (zgadza się na podawanie danych) i Andrzeja Z. "Słowika". Ich proces toczy się przed Sądem Okręgowym w Warszawie od lutego 2010 r. Boguckiego oskarżono o obserwowanie miejsca zabójstwa i bezskuteczne nakłanianie w 1998 r. za 30 tys. dolarów gangstera Zbigniewa G. do zabicia b. szefa policji. "Słowikowi" zaś zarzucono nakłanianie za 40 tys. dolarów płatnego zabójcy Artura Zirajewskiego (zmarł na początku stycznia 2010 r. na oddziale szpitalnym gdańskiego aresztu wskutek zatoru tętnicy płucnej) do zabójstwa Papały. Oskarżonym grozi dożywocie, nie przyznają się do winy.
Według prokuratury sprawcy zabójstwa Papały kierowali się "motywem finansowym". Nie ujawnia się zaś motywu osób nakłaniających do zbrodni. Proces Boguckiego i "Słowika" zmierza już do końca. Na przełom kwietnia i maja zaplanowane były ostatnie rozprawy. Nie wiadomo jednak, jakie decyzje podejmie warszawski sąd po ostatnich zarzutach postawionych członkom grupy "Patyka".
O zlecenie zabójstwa generała jest podejrzany natomiast polonijny biznesmen z Chicago Edward Mazur. Na jego osobę wskazywał Zirajewski. "Odniosłem wrażenie, że wiodącą osobą w sprawie Papały jest Edek" - mówił Zirajewski w zeznaniach z sierpnia 1999 r. Gangster twierdził, że w latach 90. Mazur szukał chętnego do przyjęcia takiego zlecenia. Później powołany przez prokuraturę biegły psycholog policyjny podważył wiarygodność słów Zirajewskiego.
Na początku kwietnia 2005 r. Polska przekazała stronie amerykańskiej wniosek o aresztowanie i ekstradycję Mazura. "Wydaje się, że szanse na ekstradycję pana Mazura są dość znaczne" - oceniał ówczesny minister sprawiedliwości Andrzej Kalwas. Wniosek był podtrzymywany za czasów, gdy ministrem sprawiedliwości był Zbigniew Ziobro. "Działania dla ekstradycji Edwarda Mazura z USA do Polski powinny być dla strony amerykańskiej kwestią honoru" - mówił Ziobro w 2006 r. Po wizycie w USA w październiku 2006 r. Ziobro mówił, że istnieją szanse na taką ekstradycję.
W lipcu 2007 r. amerykański sąd odmówił jednak ekstradycji, twierdząc, że zeznania Zirajewskiego - "pospolitego przestępcy" - to za mało, by wydać Polsce amerykańskiego obywatela. "Zeznania te zawierają tyle sprzeczności, że trudno sobie wyobrazić, jak rząd mógł przypuścić, że przekonają one sąd, iż istnieje wysokie prawdopodobieństwo popełnienia przez Mazura zarzucanego mu czynu" - uzasadniał sąd w USA. Polscy prokuratorzy zapowiadali, że nadal zbierają dowody na udział Mazura w zbrodni i mówili, że gdy takie zgromadzą - ponowią wniosek.
Tajemnicza notatka
W listopadzie 2009 r. pozostałe wątki sprawy Papały - niedotyczące oskarżenia Boguckiego i "Słowika" - w tym ten odnoszący się do Mazura zostały przekazane z prokuratury warszawskiej do wydziału przestępczości zorganizowanej Prokuratury Apelacyjnej w Łodzi. Powstał specjalny zespół prokuratorów, który miał dokonać analizy materiałów "pod kątem nowych okoliczności i nowych dowodów, które pozwoliłyby ustalić okoliczności czynu".
Łódzka prokuratura poinformowała, że w śledztwie nadal podejrzanym jest Mazur. "Mamy świadomość, że przed nami decyzja co do dalszego statusu tej osoby w prowadzonym przez nas śledztwie. Ale tego rodzaju decyzja wymaga zgromadzenia wszystkich dostępnych dowodów, wymaga rozważenia wszystkich informacji dowodowych, które są do uzyskania" - powiedział rzecznik tej prokuratury. Jednocześnie dodał, że prokuratura nadal nie "dysponuje stanowiskiem podejrzanego odnośnie przedstawionego mu zarzutu".
W marcu 2010 r. łódzka prokuratura skierowała do austriackich organów ścigania wniosek o pomoc prawną w śledztwie dotyczącym utrudniania postępowania w sprawie zabójstwa Papały. Chodziło o ukrycie policyjnej notatki z 1998 roku. Notatka ta wskazywała na gangstera Rafała K. jako na zabójcę Marka Papały. Nie została ona przekazana warszawskim prokuratorom prowadzącym śledztwo bezpośrednio po sporządzeniu, tylko z sześcioletnim opóźnieniem - dopiero w 2004 r.
Na istnienie notatki naprowadzili prokuraturę śledczy z Austrii badający inną sprawę - wiedeńskiego mafiosa Jeremiasza Barańskiego ps. Baranina (siedział w austriackim areszcie za zlecenie zabójstwa b. ministra sportu Jacka Dębskiego).
Pod koniec listopada 2010 r. łódzka prokuratura informowała, że ma już większość daktyloskopijnego materiału porównawczego i część próbek do badań biologicznych 20 osób, które mogą być bezpośrednio zamieszane w śmierć b. szefa policji. Śledczy chcieli je porównać ze śladami daktyloskopijnymi oraz śladami krwi znalezionymi na miejscu zabójstwa. Wśród typowanych byli m.in. Ryszard Bogucki i "Słowik". Śledczy weryfikowali również zeznania świadka Piotra K. ps. Broda, który - według medialnych doniesień - miał twierdzić, że wykonawcami egzekucji na Papale mieli być płatni zabójcy - Rosjanin i Białorusin.
Jak poinformowali w środę na wspólnej konferencji prasowej rzecznik łódzkiej PA Jarosław Szubert i insp. Marek Dyjasz z KGP, przełom w śledztwie nastąpił w lutym 2011 r. Ustalono wtedy mężczyznę, który mógł znać okoliczności zabójstwa Papały. Został on zatrzymany. Wówczas wyraził gotowość współpracy ze śledczymi, ale pod warunkiem przyznania mu statusu świadka koronnego. Tak też się stało.
Na podstawie zgromadzonego materiału śledczy zdecydowali o zatrzymaniu czterech mężczyzn - obecnie w wieku od 38 do 43 lat - uczestniczących w napadzie. Piąta została dowieziona z zakładu karnego do łódzkiej prokuratury apelacyjnej. Według policji grupa ta działała w latach 90. Przez kilka lat dokonała kradzieży kilkuset aut różnych marek.
Zatrzymanym przedstawiono zarzuty popełnienia szeregu przestępstw - dwóm z nich zarzuty zabójstwa Marka Papały, które miało związek z usiłowaniem rozboju z bronią w ręku na jego osobie. Dwaj kolejni podejrzani usłyszeli zarzuty usiłowania napadu rabunkowego na Marku Papale.