Garzon chciał wyjaśnić losy ponad 100 tys. przeciwników gen. Francisco Franco wymordowanych pod koniec hiszpańskiej wojny domowej (1936-1939) i w początkowym okresie dyktatury. Zarzucano mu, że wszczynając śledztwo, świadomie przekroczył kompetencje i naruszył ustawę o amnestii z 1977 roku.
Ustawa, ogłoszona w dwa lata po śmierci dyktatora, uznała zbrodnie popełnione przez frankistów za niekaralne, ponieważ sprawcy działali "zgodnie z obowiązującymi wówczas ustawami".
Według źródła w sądzie, cytowanego przez agencję AFP, spośród siedmiu sędziów za uniewinnieniem Garzona opowiedziało się sześciu, a jeden był temu przeciwny.
W innym procesie Garzon został 9 lutego uznany za winnego zarządzenia nielegalnego podsłuchiwania rozmów między podejrzanymi w sprawie o korupcję a ich prawnikami. Sąd Najwyższy wydał wobec niego 11-letni zakaz wykonywania zawodu. Werdykt ten - jeśli zostanie utrzymany - w praktyce oznacza zakończenie kariery 56-letniego sędziego, który stał się bardzo znany m.in. za sprawą doprowadzenia do aresztowania chilijskiego dyktatora Augusto Pinocheta.
Od maja 2010 roku Garzon był zawieszony w czynnościach za "nadużycie władzy", jak zakwalifikowano wszczęcie przez niego śledztwa w sprawie zbrodni frankistowskich.