W piątek SN ostatecznie utrzymał wyrok uwzględniający w głównej części pozew Chrostowskiego wobec pozwanych. Mają teraz oni zamieścić we "Wprost" przeprosiny za naruszenie dóbr osobistych Chrostowskiego przez "uwłaczające jego czci i nieznajdujące podstaw" sugestie i twierdzenia o jego współpracy z SB, także przy zabójstwie kapłana w 1984 r. Sumliński mówi, że wykona wyrok, ale złoży skargę do trybunału w Strasburgu.
We "Wprost" w 2005 r. Sumliński pisał, "kim naprawdę był Waldemar Chrostowski". Został on porwany wraz z duchownym 19 października 1984 r. przez trzech oficerów SB, ale wyskoczył z auta porywaczy i ujawnił uprowadzenie księdza. Według Sumlińskiego, w lutym 1984 r. SB zarejestrowała Chrostowskiego jako "zabezpieczenie operacyjne" (taka rejestracja mogła dotyczyć zarówno osoby inwigilowanej, jak i tajnego współpracownika - PAP) do operacji przeciw ks. Popiełuszce; "teczkę" sprawy zniszczono w 1989 r. "Zarejestrowanie Chrostowskiego w ewidencji operacyjnej SUSW w Warszawie nie mogło się ograniczać jedynie do tzw. zabezpieczenia operacyjnego w tak kluczowej sprawie i wysoce prawdopodobne jest, że przybrało ono pełną rangę operacyjnego źródła SB (informator, agent, rezydent, konsultant, kontakt operacyjny)" - pisał Sumliński, powołując się na biegłego z IPN Leszka Pietrzaka. Artykuł kwestionował też dotychczasowe ustalenia co do ucieczki Chrostowskiego.
Chrostowski zaprzeczył, by był świadomym współpracownikiem służb PRL. Pozwał dziennikarza, ówczesnego naczelnego i wydawcę "Wprost", żądając od nich przeprosin i wpłaty 10 tys. zł na muzeum ks. Popiełuszki. Pozwani wnosili o oddalenie pozwu. Sumliński podkreślał, że miał podstawy do swych tez, gdyż dotarł do akt śledztwa IPN w sprawie zabójstwa Popiełuszki, rozmawiał z biegłym i prokuratorem.
W 2008 r. Sąd Okręgowy w Warszawie częściowo uwzględnił powództwo Chrostowskiego, nakazując przeprosiny, m.in. za "kłamliwe informacje", choć oddalił roszczenia finansowe. SO uznał, że Sumliński nie dochował szczególnej staranności i rzetelności. "Redaktor Sumliński i współpracujący z nim dziennikarze podjęli prace na szeroką skalę, ale to jeszcze nie znaczy, że była ona szczególnie staranna. Przyjęli oni tylko jedną z kilku możliwych wersji wydarzeń i ją lansowali" - mówił sędzia SO Grzegorz Tyliński. Według SO, pozwani wprawdzie działali "na rzecz pamięci o księdzu Jerzym i w celu ujawnienia okoliczności sprawy", ale nie mieli dostatecznych dowodów, gdy sugerowali, że Chrostowski mógł być agentem SB o pseud. Desperat, wprowadzonym w otoczenie księdza i wykorzystanym w uprowadzeniu i zabójstwie.
Obie strony złożyły apelacje. W 2009 r. przed Sądem Apelacyjnym w Warszawie pełnomocnik Chrostowskiego mec. Jacek Trela podkreślał, że krótko przed porwaniem ks. Popiełuszki Chrostowski uniknął śmierci wraz z kapłanem, gdy Grzegorz Piotrowski rzucił kamieniem w ich samochód - ocalił ich tylko refleks Chrostowskiego. "I taki człowiek miałby być agentem?" - pytał adwokat. Według niego, "pasja Sumlińskiego przeszła w fanatyzm", a "Wprost" kierował się chęcią zysku. Pełnomocnik "Wprost" mec. Maciej Łuczak mówił, że IPN "nie poradził sobie ze sprawą ks. Popiełuszki", a śledztwo IPN wciąż trwa. "Sumliński był rzetelny i działał w interesie społecznym" - dodał adwokat.
SA utrzymał generalnie wyrok SO. Z treści przeprosin SA usunął jednak zwrot, że informacje "Wprost" były kłamliwe, uznając że dziś nie sposób ustalić, czy są prawdziwe, czy nie. SA uznał też, że Sumliński nie działał z winy umyślnej (jak uznał SO), lecz dopuścił się niedbalstwa. Według SA swoboda ocen mordu na ks. Popiełuszce kończy się tam, gdzie narusza się dobra innych, a samo przytoczenie wypowiedzi innych osób to za mało, by działania dziennikarza uznać za rzetelne. Zdaniem SA, dokumenty z IPN, którymi dysponował Sumliński, były "szczątkowe" i nie dawały podstaw do jego wniosków. Podkreślając, że sąd nie dostał z IPN akt śledztwa ws. zabójstwa ks. Popiełuszki, sędzia SA Agata Zając dodała, że nie było szans na "przeprowadzenie dowodu prawdy". Według SA, brak jest zatem podstaw do uznania, czy sugestie autora były prawdziwe. "Być może w przyszłości prawda o zabójstwie ks. Popiełuszki będzie ustalona, ale dziś nie jest to możliwe" - oświadczyła sędzia.
I powód, i pozwani złożyli kasacje do SN. Mec. Trela chciał, by SN uznał, że Sumliński działał umyślnie, jego słowa o Chrostowskim były kłamliwe, a wpłata 10 tys. zł jest niezbędna dla zadośćuczynienia. Mec. Łuczak wnosił o oddalenie pozwu, bo Sumliński działał w interesie społecznym, a nie miał szans na oficjalną weryfikację dowodów. "Prawdy nie da się zniszczyć taką czy inną ustawą" - te słowa ks. Popiełuszki przywołał na koniec adwokat.
SN częściowo zmienił tylko nieco treść przeprosin pod względem formalnym. W uzasadnieniu wyroku sędzia SN Marta Romańska powiedziała, że Sumliński dochował rzetelności na etapie zbierania materiałów, ale dopuścił się zaniedbań przy ich wykorzystaniu, formułując wnioski nie oparte na rzetelnych podstawach. Zarazem sędzia podkreśliła, że nie działał on z chęci sensacji, lecz w interesie społecznym. "Podjął temat z chęci wyjaśnienia głośnego zdarzenia, z którym organy państwa borykają się od lat" - dodała Romańska.
"Widziałem dokumenty IPN; wiedzą o tym dwie prokuratury" - powiedział Sumliński dziennikarzom. Zapowiedział, że odwoła się do trybunału w Strasburgu. Chrostowski nie chciał się wypowiadać. Mec. Trela powiedział, że jest zadowolony z sentencji wyroku, ale nie z uzasadnienia SN; Sumliński - odwrotnie. Króla ani nikogo od wydawcy "Wprost" nie było w SN.
Ks. Jerzego Popiełuszkę, duszpasterza ludzi pracy i kapelana Solidarności, porwali i bestialsko zamordowali oficerowie zwalczającego Kościół IV departamentu MSW: Piotrowski, Waldemar Chmielewski i Leszek Pękala. W 1985 r. sąd w Toruniu skazał Piotrowskiego na 25 lat więzienia, Pękalę - na 15 lat, Chmielewskiego - na 14, a ich zwierzchnika Adama Pietruszkę - na 25. Nie odbyli oni kar w całości. Najdłużej - 15 lat w więzieniu był Piotrowski. W 1994 r. Sąd Wojewódzki w Warszawie niejednomyślnie uniewinnił generałów SB Władysława Ciastonia i Zenona Płatka z zarzutu kierowania tą zbrodnią.
Nigdy nie potwierdzono oficjalnie tez głoszonych m.in. przez Sumlińskiego, by ksiądz zginął później i w innych okolicznościach niż to ustalił sąd w Toruniu, choć co jakiś czas powracają pytania w tej sprawie.
Od 10 lat w pionie śledczym IPN trwa śledztwo w sprawie związku przestępczego w MSW z lat 70. i 80. Chodzi o różne przestępstwa IV departamentu, w tym także o niewyjaśnione wątki zabójstwa ks. Jerzego. Ostatnio IPN zarzucił kilku oficerom SB prowadzenie w latach 80. śledztwa przeciw ks. Popiełuszce o "czyny nie będące przestępstwem".