Prof. Antoni Dudek, odnosząc się do poglądu, że resort bezpieczeństwa publicznego wiedział o planach ucieczki Mikołajczyka i nie zapobiegł jej, ponieważ władze nie chciały zrobić męczennika z przywódcy PSL, stwierdził: „Odrzucam tę hipotezę. Przygotowywano wtedy procesy pokazowe, między innymi Gomułki, więc proces Mikołajczyka, jako otwartego przeciwnika komunizmu, był tym bardziej oczywisty”.
Według doniesienia agenta „Góry” opublikowanego w zbiorze „Stanisław Mikołajczyk w dokumentach aparatu bezpieczeństwa” (IPN), prezes PSL już w sierpniu 1947 r. był przeświadczony, że zostanie postawiony przed sądem. Dlatego też jego bliscy współpracownicy: Franciszek Kamiński, Wincenty Bryja i Stanisław Wójcik zaczęli gromadzić materiały i dowody mające podważyć spodziewane oskarżenia o współpracę PSL i lidera stronnictwa z podziemiem niepodległościowym i „wrogimi państwu polskiemu kołami za granicą”.
8 października 1947 r. Naczelny Komitet Wykonawczy PSL przyjął rezolucję stwierdzającą, że władze komunistyczne uniemożliwiają partii działalność. Miał to być wstęp do podjęcia decyzji o zawieszeniu wszelkiej aktywności pozaparlamentarnej przez PSL. Wybory do Sejmu w lutym 1947 r., podobnie jak referendum w 1946 roku, zostały sfałszowane przez komunistów, w parlamencie zasiadło jedynie 28 posłów PSL. Nie ustawał terror władz komunistycznych wobec działaczy i członków PSL. Stawiano ich przed sądem, dokonywano zabójstw.
Stanisław Mikołajczyk zdecydował się na wyjazd z kraju, gdy 8 października dowiedział się z „całkowicie pewnych źródeł”, jak pisał w książce „Polska zgwałcona”, że on i dwaj inni działacze PSL - Stefan Korboński i Wincenty Bryja, zostaną na najbliższym posiedzeniu Sejmu, po 20 października, pozbawieni immunitetów poselskich i aresztowani. Mieli stanąć przed sądem wojskowym i zostać skazani na karę śmierci.
Jako motyw swojej ucieczki Mikołajczyk podawał w oświadczeniu wydanym w Londynie 16 listopada 1947 r. wraz z Kazimierzem Bagińskim i Stefanem Korbońskim, którzy także opuścili kraj, że działalność PSL także i w parlamencie jest niemożliwa. A śmierć czołowych działaczy partii nie przyniesie korzyści ani sprawie polskiej, ani PSL. Mogłaby zaś doprowadzić do aktów zemsty oraz masowych protestów, co spowodowałoby ich brutalne, krwawe stłumienie.
Mikołajczyk mógł się obawiać się, że spotka go los Iuilu Maniu, lidera rumuńskiej Partii Narodowo-Chłopskiej, aresztowanego w lipcu 1947 r. (został skazany na dożywocie) oraz Nikoły Petkowa, przywódcy Bułgarskiego Ludowego Związku Chłopskiego skazanego na śmierć i straconego w końcu września 1947 r. Mógł być też przeświadczony, że po skazaniu w 1947 r. na kary długoletniego więzienia działaczy PSL, między innymi redaktorów naczelnych „Gazety Ludowej” - Zygmunta Augustyńskiego i „Piasta” - Karola Buczka, przyjdzie kolej na niego i czołowych polityków partii. Jeden z nich Kazimierz Bagiński, członek NKW PSL, w 1947 r. otrzymał wyrok ośmiu lat więzienia, zmniejszony na mocy amnestii do lat czterech (ostatecznie wypuszczono go z więzienia).
17 października 1947 r. Mikołajczyk skontaktował się z pierwszym sekretarzem ambasady USA Georgem Andrewsem informując go, że ma być aresztowany i skazany na śmierć. Według relacji amerykańskiego dyplomaty, opublikowanej w „Zeszytach Historycznych” w 1985 r., Mikołajczyk prosił o pomoc w ucieczce z Polski.
Decyzję o jej udzieleniu podjął ambasador USA Stanton Griffis, który zorganizował natychmiast sztab kryzysowy, włączając do niego brytyjskiego attache. Następnego dnia Andrews zaproponował Mikołajczykowi opuszczenie kraju w transporcie wiozącym trumny obywateli amerykańskich - ofiar wojny, przewiezienie przez Czechosłowację lub pomoc w opuszczeniu Polski drogą morską. Mikołajczyk wybrał to ostatnie rozwiązanie. 20 października w umówionym miejscu na warszawskiej ulicy wsiadł do ciężarówki wiozącej do Gdyni skrzynie i paczki należące do brytyjskiej ambasady i ukrył się między nimi. Po przyjeździe do portu udało się odwrócić uwagę strażników i Mikołajczyk wszedł na pokład angielskiego statku „Baltavia”, który wypłynął z Gdyni 21 października.
Sam Mikołajczyk przedstawiał inną wersję ucieczki: przez zachodnią granicę Polski i sowiecką strefę okupacyjną, najpewniej dla utrudnienia władzom komunistycznym śledztwa w sprawie jego ucieczki. Władze bezpieczeństwa szybko jednak doszły do tego z czyją pomocą i w jaki sposób Mikołajczyk opuścił kraj. W listopadzie 1947 r. do MSZ został wezwany ambasador USA. Zarzucono mu, że dyplomaci tego kraju brali udział w organizowaniu ucieczki Mikołajczyka i uznano za persona non grata jednego z nich.
Niemal równocześnie z Mikołajczykiem Polskę opuścili także Stefan Korboński i Wincenty Bryja. Ten drugi został zatrzymany w Czechosłowacji i wydany władzom polskim. Skazano go na 10 lat więzienia. Został zwolniony w 1954 r. na przerwę w wykonywaniu kary z powodu złego stanu zdrowia. Był amnestionowany w 1957 r.