Zaraz po dotarciu na brzeg, migrantów przejmują organizacje pozarządowe lub lokalne władze i przewożą ich do tymczasowych obozów. Zapewniają im tam pierwszą pomoc medyczną, dają posiłek, suche ubrania, obuwie i udzielają potrzebnych wskazówek i rad. Następnie migranci są przewożeni do ośrodka, gdzie odbywa się ich rejestracja. Nie trwa ona dłużej niż 2-3 dni w zależności od tego, ile osób trafia danego dnia na wyspę. W rejestracji biorą udział funkcjonariusze z wielu krajów unijnych, którzy pracują zmianowo przez całą dobę. Od migrantów pobierane są dane i odciski palców.
Ustala się też, z jakiego kraju pochodzą. Starszy chorąży Witold Czajkowski z Bieszczadzkiego Oddziału Straży Granicznej, który bierze udział w rejestracji Afgańczyków na Lesbos, powiedział Polskiemu Radiu, że ustalenie prawdziwej narodowości cudzoziemca odbywa się podczas rozmowy z nim o znajomości kraju pochodzenia, który deklaruje. Zdaniem polskiego funkcjonariusza, rejestracja na Lesbos przebiega w sposób prawidłowy. Na tę wyspę przybywa 60 procent wszystkich migrantów, którzy przedostają się z Turcji do Grecji.
Kraje Unii Europejskiej przyjęły dziś rekomendacje dla Grecji w sprawie walki z kryzysem migracyjnym. Zdaniem Komisji Europejskiej, greckie władze muszą między innymi usprawnić rejestrację migrantów, a także patrolowanie granicy turecko-greckiej.