Komisja Europejska zażądała zwrotu 380 milionów zł w decyzji z marca 2010 r. Wskazywała, że dane w systemie LPIS-GIS na podstawie, których przyznawane były dopłaty dla rolników były częściowo nieaktualne i rozbieżne. KE przeprowadziła kontrolę w 2006 r. w województwach zachodniopomorskim, lubuskim i wielkopolskim.
Polska nie zgadzała się z zarzutami KE odnośnie systemu LPIS-GIS, ponadto wskazywała, że nieprawidłowości stwierdzono tylko w 5 z 60 skontrolowanych działek.
Polska zaskarżyła do Sądu UE decyzję KE. Jednak Sąd UE oddalił skargę w lutym 2013 r. i przyznał rację KE. Stwierdził, że polski system LPIS-GIS nie gwarantował, że dopłaty były wypłacane rolnikom w prawidłowy sposób, Komisja Europejska miała więc prawo nałożyć na Polskę karę. Stanowisko to podtrzymał Trybunał w drugiej instancji.
Czwartkowe rozstrzygniecie Trybunału jest ostateczne. Oznacza to, że oprócz ponad 380 milinów złotych kary Polska ponosi koszty procesu. W praktyce chodzi o koszty przejazdów na rozprawy w Luksemburgu i noclegów dla pełnomocników Polski, czyli prawników z MSZ; opłat dla sądu się nie wnosi. Teoretycznie KE mogłaby obciążyć Polskę swoimi analogicznymi kosztami, ale nie zdarza się, by zwracała się o to do pokonanych przed Trybunałem państw członkowskich.
Około 20 proc. wyroków pierwszej instancji (Sąd UE) jest zaskarżanych do Trybunału. Sąd z siedzibą w Luksemburgu orzeka zarówno w sprawach, jakie wnoszą państwa i instytucje unijne, jak i zgłaszanych przez przedsiębiorstwa i osoby fizyczne. Najwięcej spraw rozpatrywanych przez Sąd dotyczy własności intelektualnej, a w szczególności znaków towarowych, a także prawa konkurencji.