W komunikacie przesłanym mediom resort tłumaczy, że do Rejestru wpisana może zostać wyłącznie wspólnota religijna, która jest tworzona w celu wyznawania i szerzenia wiary religijnej. Według opinii biegłych, na które powołuje się MAiC, doktryna pastafarian „zdradza w sposób zdecydowany cechy parodii doktryn już istniejących, a zwłaszcza chrześcijaństwa, zmierzając do ośmieszenia lub podważenia pewnych idei/prawd wiary, które mogą budzić sprzeciw u niewierzących (np. przekonanie o spożywaniu ciała i krwi Chrystusa w trakcie komunii).

Samo parodiowanie nie jest niczym nagannym ani zakazanym, ale w tym wypadku widać, iż jest to podstawowy cel rozważanej tu grupy. " - podkreślili biegli.

Religioznawcy stwierdzili również, iż: ,,w oparciu o opartą dokumentację, na postawione na początku pytanie, czy Kościół Latającego Potwora Spaghetti, można uznać za wspólnotę religijną, odpowiadamy:(..) w zakresie indywidualnym i prywatnym - tak (bo każdy może sobie uznać co mu się podoba, nawet jeśli to jest zupełnie absurdalne) (…)”.