Kardynał Bergoglio miał być przesłuchiwany jako świadek w sprawie okoliczności morderstwa, którego ofiarą padł w Argentynie francuski duchowny.
Niewyjaśniona jest także kwestia jego postawy wobec porwania przez juntę dwóch jezuitów w okresie, gdy był przełożonym zakonu. Według niektórych, nie zrobił w tej sprawie nic, według innych - apelował do szefa junty o zwolnienie duchownych.
Fancuska adwokat Sophie Thonon podkreśliła, że "w tej chwili, biorąc pod uwagę dostępne materiały dowodowe, nie ma żadnych podstaw do wysuwania pod jego adresem zarzutów. Może być tylko świadkiem w tej sprawie”.
We Francji wielu lewicowych przywódców krytykuje nowego papieża oraz Kościół w Argentynie za jego postawę wobec junty w latach 1976-1983. Po okresie jej rządów Episkopat argentyński publicznie poprosił o przebaczenie za niewystarczające zaangażowanie się duchownych w walkę o obronę praw człowieka.