Ta pasja nie opuściła go już nigdy, więc kiedy na początku lat 30. Uniwersytet Warszawski zaproponował mu etat na archeologii, nie wahał się ani chwili. Stojąc na czele katedry, udało mu się zorganizować pierwszą polską wyprawę na wykopaliska do Egiptu.

Największe tryumfy badacz święcił po wojnie, którą spędził jako jeniec w niemieckim obozie. Kierował ekspedycją, która badała ruiny starożytnej Palmiry. W Aleksandrii odkrył nieznaną wcześniej część miasta. A kiedy władze Egiptu ogłosiły, że mają zamiar zbudować na południu kraju olbrzymią tamę na Nilu – Michałowski pospieszył tam, aby ratować, co się da. Wówczas też dokonał największego odkrycia: chrześcijańskiej katedry w mieście Faras, wraz z przylegającymi do niej zabudowaniami. Stamtąd pochodzi kilkadziesiąt fresków, które do dziś można podziwiać w Muzeum Narodowym w Warszawie.

Budowa Wielkiej Tamy Asuańskiej zagrażała także wielu innym budowlom, w tym zespołowi świątynnemu Abu Simbel zbudowanemu przez faraona Ramzesa II. Polski archeolog był w gronie ekspertów, którzy czuwali nad akcją przeniesienia kompleksu kilkanaście metrów wyżej, gdzie nie groziła im już woda.

Pod koniec kariery Michałowski był szykanowany przez władze PRL. Zmarł w 1981 r.

Zobacz, kto jeszcze znalazł się na naszej liście: