Ściśle tajne śledztwo w sprawie istnienia w Polsce więzień CIA trwa od 2008 roku. "Gazeta Wyborcza" napisała w poniedziałek, że prokurator Jerzy Mierzewski prowadzący sprawę, który chciał urzędnikom państwowym rządu SLD postawić zarzuty m.in. złamania konstytucji, został odsunięty od sprawy.

"Nie ukrywam, że z pewnym niepokojem obserwuję te zmiany personalne. Chciałbym żeby sprawa była wyjaśniona ostatecznie i do końca" - powiedział prezydent w poniedziałek w Radiu Zet.

Komorowski pytany, czy zwolni z tajemnicy państwowej Kwaśniewskiego, powiedział, że "na razie takiego wystąpienia nie ma".

"A jeżeli wpłynie, to oczywiście rozważę wszystkie "za" i "przeciw", bo to nie jest takie proste. Bo oczywiście w procedurach polskich prezydent tego rodzaju decyzji, jeśli one zapadły, nie podejmuje, nie podejmował" - powiedział prezydent. W jego opinii, pojawia się pytanie, czy należy poszerzać ewentualny obszar podejrzeń w stosunku do Polski, także o byłego prezydenta.

Komorowski stwierdził, że jest jednym z niewielu, a może nawet jedynym polskim politykiem, który w momencie pojawienia się sprawy więzienia CIA, mówił o potrzebie rzetelnego śledztwa.

Pytany, czy według niego, w Polsce można było torturować więźniów, odparł: "Po to jest śledztwo prokuratorskie, żeby sprawdzić, czy tego rodzaju fakty były".

Komorowski stwierdził, że ekipa rządów lewicowych oraz rządy PiS, Samoobrony i LPR mówiły, że tego rodzaju przypadków nie było.

"Wolałbym, żeby to powiedziała prokuratura polska i liczę na wyjaśnienie sprawy do końca, ale nie mam wiedzy i nie powinienem jej posiadać, bo to jest wiedza, którą w tej chwili gromadzi prokuratura niezależna" - zaznaczył prezydent.

Warszawska Prokuratura Apelacyjna od sierpnia 2008 r. prowadzi śledztwo w celu zbadania, czy była zgoda polskich władz na stworzenie w Polsce tajnych więzień CIA i czy ktoś z polskich władz nie przekroczył uprawnień, rezygnując z suwerenności RP nad częścią terytorium Polski i godząc się w ten sposób na tortury. Postępowanie jest niejawne; nie są ujawniane żadne szczegóły. W 2009 r. prokuratura przyznała tylko, że śledczy potwierdzili "kilkanaście lotów na lotnisko w Szymanach". W lutym śledztwo zostało przedłużone do sierpnia tego roku.

Mierzewskiego zastąpił Waldemar Tyl, nowy zastępca prokuratora apelacyjnego i równocześnie szef pionu prowadzącego śledztwo w sprawie tajnego więzienia CIA w Polsce. Rzecznik warszawskiej Prokuratury Apelacyjnej Zbigniew Jaskólski powiedział PAP, że zmiana podyktowana była wagą sprawy, a śledztwo nie zostało zahamowane.

Domniemanie, że w Polsce - i kilku innych krajach europejskich - mogą być tajne więzienia CIA, wysunęła w 2005 r. organizacja praw człowieka Human Rights Watch. Według HRW takie więzienie w Polsce miało się znajdować na terenie szkoły wywiadu w Kiejkutach lub w pobliżu wojskowego lotniska w Szymanach na Mazurach.

Polscy politycy, m.in. ówczesny prezydent Aleksander Kwaśniewski oraz premierzy zaprzeczali, by takie więzienia w Polsce istniały. Według polskich mediów, w śledztwie mieli zostać przesłuchani byli członkowie najwyższych władz, w tym Kwaśniewski, b. premier Leszek Miller i b. szef WSI gen. Marek Dukaczewski.

W 2010 r. ujawniono, że oficjalny rejestr lotów do Szyman potwierdza, iż w 2003 r. co najmniej sześć razy lądowały tam samoloty powiązane z CIA. Raport ONZ sformułował zaś przypuszczenie, że w latach 2003-2005 w Kiejkutach przetrzymywano ośmiu podejrzanych o terroryzm więźniów, a polskie władze powołały zespół agentów podporządkowanych Amerykanom i tylko przed nimi odpowiedzialnych.