Tzw. zbiór zastrzeżony, przez badaczy określany również jako zbiór "Z", powstał na mocy ustawy o IPN z 1998 r. To materiały wytworzone przez aparat bezpieczeństwa PRL i zachowywane w tajnym zbiorze ze względu na aktualne bezpieczeństwo polskiego państwa.
Instytut Pamięci Narodowej otrzymał je od Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego i Agencji Wywiadu (wcześniej Urzędu Ochrony Państwa), Straży Granicznej oraz dwóch służb wojskowych podlegających ministrowi obrony narodowej: Służby Kontrwywiadu Wojskowego i Służby Wywiadu Wojskowego (wcześniej: Wojskowych Służb Informacyjnych).
Cała dokumentacja z "zetki" jest przechowywana w specjalnych, wydzielonych pomieszczeniach w archiwach IPN, do których dostęp mieli wyłącznie przedstawiciele służb (w ostatnim czasie w asyście archiwistów z IPN). Ta sytuacja wiązała się z tym, że tylko służby na podstawie utajnionych kryteriów podejmowały decyzje o umieszczeniu danych archiwaliów w zbiorze. Obecnie to się zmieni, ponieważ o losach wszystkich dokumentów odziedziczonych po PRL będzie decydował wyłącznie prezes IPN.
Mimo określenia, że chodzi o dokumenty dotyczące bezpieczeństwa polskiego państwa, historycy od wielu lat zwracali uwagę, że zbiór jest mitologizowany, ponieważ wiele jego odtajnionych archiwaliów nie tworzyło dla państwa żadnych zagrożeń. Chodzi o to, że dokumenty, które trafiały do zbioru zastrzeżonego - według badaczy - w ogóle nie powinny się w nim znaleźć. Jednym z przykładów jest np. sprawa akt zamordowanego Bohdana Piaseckiego, 16-letniego syna Bolesława Piaseckiego - przewodniczącego PAX-u, który w latach 30. był jednym z przywódców Obozu Narodowo-Radykalnego (motywów zabójstwa do dziś nie wyjaśniono). Tego rodzaju dokumentów, niezasługujących - zdaniem historyków - na utajnienie, było więcej.
W związku m.in. z tą sytuacją w ubiegłym roku parlament zdecydował się "zetkę" ostatecznie zlikwidować, co oznaczało jej ujawnienie. Zgodnie z nowelizacją ustawy o IPN z 29 kwietnia ub.r. instytucja zastrzegania dokumentów w tym zbiorze przestała istnieć (co właśnie formalnie oznacza likwidację tego zbioru). Z tych samych przepisów wynikało jednak, że jeszcze do 15 czerwca br. służby specjalne w porozumieniu z IPN miały czas, by dokonać przeglądu dokumentów.
Chodziło o to, żeby po tej analizie część dokumentów otrzymała klauzulę tajności na zasadach ustawy o ochronie informacji niejawnych, a część stała się dokumentami jawnymi, do których dostęp będą mieli m.in. naukowcy oraz dziennikarze. Ostateczne decyzje w tej sprawie będzie podejmował prezes IPN, m.in. na podstawie rekomendacji powołanej przez siebie komisji historyków i archiwistów.
Mimo ustawowego terminu 15 czerwca br. wszystkie służby zadeklarowały, że przeglądu dokonają wcześniej - do końca marca br. Taką decyzję podjęto po spotkaniu 19 września 2016 r. władz IPN z szefami służb, a także z szefem MON Antonim Macierewiczem oraz ministrem koordynatorem służb specjalnych Mariuszem Kamińskim. Chodziło o to, żeby IPN i służby miały czas na rozstrzygnięcie ewentualnych kwestii spornych w sprawie utajnienia bądź ujawnienia danej jednostki archiwalnej.
Na początku kwietnia okazało się, że z terminu wywiązała się wyłącznie podległa MSWiA Straż Graniczna. Termin ten zatem przedłużono do 20 maja, jednak nadal IPN nie dostał informacji o dokonanym przeglądzie ani rekomendacji służb, dotyczących tego, które z jednostek archiwalnych i dlaczego będą chciały utajnić.
Dopiero w ostatnim tygodniu - jak poinformował w środę IPN na konferencji prasowej - swoje wnioski do Instytutu przekazała Agencja Wywiadu, a w tym tygodniu Agencja Bezpieczeństwa Wewnętrznego. IPN podał też, że do środy wniosków nie przekazały Służba Kontrwywiadu Wojskowego i Służba Wywiadu Wojskowego. Z powodu małej ilości czasu na ustosunkowanie się do rekomendacji ABW i AW (czy ewentualnie do wniosków służb wojskowych, które mogły napłynąć do końca dnia 15 czerwca), Instytut poinformował, że proces ich rozpatrzenia wydłuży się o co najmniej kilka miesięcy.
To oznacza, że tzw. zbiór zastrzeżony po 15 czerwca nie będzie jawny w całości, ale od piątku tylko Instytut Pamięci Narodowej będzie podejmował decyzje o utajnieniu lub ujawnieniu danych dokumentów z "zetki".
Podsumowując, "zetkę" tworzyły głównie akta w formie teczek - administracyjnych, operacyjnych i osobowych oraz dokumentacja w postaci kart z kartotek operacyjnych oraz różnego typu dzienników ewidencyjnych. W wielu przypadkach są to akta osobowe funkcjonariuszy SB, a także wojskowych służb specjalnych, w tym wywiadu i kontrwywiadu, materiały dotyczące ich wewnętrznego funkcjonowania - np. rozkazy lub rozpracowania poszczególnych osób. Część dokumentów dotyczy agentury, czyli tajnych współpracowników służb komunistycznego państwa. Są to również tzw. sprawy obiektowe, czyli prowadzone przez służby obserwacje ambasad, parafii, uczelni; mogą tam być również akta śledcze oraz informacje o zagranicznych placówkach dyplomatycznych, w których SB np. zakładała podsłuchy. W zbiorze umieszczono również 655 taśm magnetycznych zawierających bazy danych Służby Bezpieczeństwa z lat 80. XX w.
W ostatnim czasie IPN podał też, że wśród dokumentów wyłączonych z "zetki" znalazły się akta rezydentur m.in. w Ottawie, Londynie, Paryżu, Tokio, dokumentacja Pionu "N" Departamentu I MSW w tym teczki personalne pracowników kadrowych "N", m.in. kryptonim "Lakar" dotyczące Andrzeja Madejczyka, teczki rozpracowania obiektowego, m.in. dotyczące działalności CIA, a także akta operacyjne ws. historyka Normana Daviesa (chodzi o nieudaną próbę jego werbunku).