W 2011 r. ETPCz w Strasburgu uwzględnił skargę złożoną przez 82-letniego Moczulskiego. Trybunał stwierdził naruszenie jego prawa do rzetelnego procesu przez ograniczenie dostępu do tajnych akt sprawy. Lustrowany i jego adwokat dostali do nich dostęp w tajnej kancelarii sądu, gdzie mogli robić notatki, ale nie wolno im było wynosić ich poza kancelarię - musieli polegać tylko na swej pamięci. Według ETPCz stawiało to lustrowanego "w sytuacji niekorzystnej w porównaniu z uprzywilejowaną pozycją Rzecznika". Trybunał wydał już kilka takich orzeczeń. Rzecznik Interesu Publicznego, ówczesny oskarżyciel w sprawach lustracyjnych, miał dostęp w swej kancelarii tajnej do akt.
We wtorek trzech sędziów SN, powołując się na wyrok ETPCz, uchyliło orzeczenia wobec Moczulskiego, a jego sprawę przekazało Sądowi Okręgowemu w Warszawie jako sądowi I instancji. "Wskazane naruszenia niewątpliwie dotyczą "głównego nurtu procesu" i to w jego newralgicznej części, jaką stanowi prawo do obrony; w tej sytuacji potrzeba wznowienia procesu jawiła się jako oczywista" - uznał SN.
Obowiązująca od 2007 r. nowa ustawa lustracyjna zlikwidowała Sąd Lustracyjny, przekazując sprawy lustracyjne sądom okręgowym właściwym dla miejsca zamieszkania osoby lustrowanej. Rzecznika zastąpił pion lustracyjny IPN; był on przeciwny wznowieniu procesu Moczulskiego.
W powtórnym procesie może zapaść zarówno wyrok o ponownym "kłamstwie lustracyjnym", jak i stwierdzający prawdziwość oświadczenia. Proces będzie się toczył według poprzednio obowiązującej procedury z 1997 r., a nie obecnej. Według ustawy z 1997 r. tajną współpracą nie było działanie, "którego obowiązek wynikał z obowiązującej ustawy". Dziś jest nią także działanie wynikające z obowiązku ustawowego lub służbowego - jeżeli przekazywało się służbom PRL informacje "w zamiarze naruszenia wolności i praw człowieka i obywatela". Dziś nie ma też już zapisu ustawy z 1997 r., że współpracą "nie jest współdziałanie pozorne lub uchylanie się od dostarczenia informacji, pomimo formalnego dopełnienia czynności lub procedur wymaganych przez organ bezpieczeństwa państwa".
Moczulski wystąpił o przewidywaną przez ustawę lustracyjną tzw. autolustrację w 1999 r. W 1992 r. ówczesny szef MSW Antoni Macierewicz umieścił go bowiem na liście domniemanych agentów UB i SB. Początkowo, w 2001 r. Sąd Lustracyjny I instancji uznał, że oświadczenie Moczulskiego o braku jego związków ze służbami specjalnymi PRL jest prawdziwe. Sąd przyjął, że nawet jeśli doszło do współpracy, to była ona pozorna. W 2002 r. sąd II instancji uchylił jednak ten wyrok i zwrócił sprawę I instancji.
Tajny współpracownik "Lech"
W 2005 r. I instancja uznała b. lidera KPN za kłamcę lustracyjnego, przyjmując, że od 1969 do 1977 r. "metodycznie współpracował" on z SB. Jako tajny współpracownik "Lech" informował SB m.in. o kolegach z tygodnika "Stolica"; za przekazywane informacje był wynagradzany. Sąd orzekł też, że Moczulski "zdecydowanie przeszedł do opozycji" w 1977 r. W 2008 r. SN oddalił kasację adwokata Moczulskiego. Oznaczało to, że Moczulski nie może przez 10 lat pełnić funkcji publicznych.
Moczulski był współzałożycielem i od marca 1977 r. rzecznikiem Ruchu Obrony Praw Człowieka i Obywatela. Od tego czasu poddawano go licznym represjom; ok. 250 razy zatrzymywano. Od września 1979 r. był szefem KPN; w 1982 r. skazano go za to na 7 lat więzienia. Zwolniono go na mocy amnestii w 1984 r. W kolejnym procesie w 1985 r. skazano go na 4 lata, zwolniono w 1986 r. Kandydował w wyborach prezydenckich w 1990 r., w których zajął ostatnie 6. miejsce. Był posłem na Sejm w latach 1991-1997.