Projekt Ustawy o szczególnych zasadach usuwania skutków prawnych decyzji reprywatyzacyjnych dotyczących nieruchomości warszawskich wydanych z naruszeniem prawa przygotowało MS. Zapisano w nim, że powołana ustawą komisja weryfikacyjna ma być "organem administracji publicznej stojącym na straży interesu publicznego".
Zgodnie z projektem komisja, na wstępnym etapie działająca podobnie do prokuratury, po przeprowadzeniu czynności sprawdzających wydaje postanowienie o wszczęciu postępowania rozpoznawczego w przypadku uprawdopodobnienia, że decyzja reprywatyzacyjna została wydana z naruszeniem prawa. Później prowadzi jawną rozprawę (ze względu na bezpieczeństwo państwa, ochronę informacji niejawnych lub "zagrożenie spokoju i porządku publicznego" rozprawę Komisja może utajnić).
Decyzje i postanowienia wydaje po jawnym głosowaniu, zwykłą większością głosów, w obecności co najmniej 5 członków komisji - w tym jej przewodniczącego (w wypadku rozkładu głosów po równo, decyduje głos przewodniczącego). Może zapaść decyzja o utrzymaniu w mocy decyzji reprywatyzacyjnej, uchyleniu takiej decyzji (w całości albo w części) i orzeczenie odmienne od pierwotnego; Komisja może też uchylić decyzję i przekazać ją do ponownego rozpoznania.
W skład komisji ds. reprywatyzacji wejdzie przewodniczący (w randze wiceministra sprawiedliwości lub spraw wewnętrznych i administracji), powoływany i odwoływany przez premiera na wniosek ministra sprawiedliwości, złożony w porozumieniu z MSWiA, oraz 8 członków (prawników o nieposzlakowanej opinii) powoływanych i odwoływanych przez Sejm. Regulamin komisji określi MS.
Przy komisji będzie funkcjonować 9-osobowa Społeczna Rada - organ opiniodawczo-doradczy. Członków Rady powoła MS w porozumieniu z MSWiA, spośród członków organizacji pozarządowych prowadzących działalność pożytku publicznego, a także stowarzyszeń, których statutowym celem jest w szczególności działalność wspomagająca rozwój wspólnot i społeczności lokalnych, zwiększanie świadomości prawnej społeczeństwa oraz kształtowanie kompetencji obywatelskich - zapisano w projekcie.