Do ołtarza podeszli ekumeniczny patriarcha Konstantynopola Bartłomiej I oraz przywódca ormiańskiego kościoła prawosławnego Karekin II.

Przed rozpoczęciem mszy papież modlił się w Bazylice świętego Piotra przy grobie pierwszego z Apostołów. To właśnie tam były przechowywane paliusz i Pierścień Rybaka, czyli atrybuty papiestwa. Wraz z Ewangeliarzem zostały one w procesji zaniesione do ołtarza. Tam kardynał protodiakon Jean Louis Tauran nałożył papieżowi paliusz. Ten sam duchowny w środę wieczorem ogłosił światu, że papieżem został Argentyńczyk Jorge Mario Bergoglio. Drugi z atrybutów, czyli Pierścień Rybaka, nałożył papieżowi dziekan Kolegium Kardynalskiego kardynał Angelo Sodano.

Przejściu procesji towarzyszyła pieśń „Laudes Regiae” napisana specjalnie na inaugurację papieża Franciszka, a także odśpiewana przez dwa chóry litania do Wszystkich Świętych.

Wcześniej papież przez kilkanaście minut jeździł po placu w otwartym samochodzie. Pozdrawiał wiernych i kilkakrotnie się zatrzymywał. Raz wyszedł nawet z papamobile, by pobłogosławić sparaliżowanego człowieka.

Razem z papieżem mszę odprawiło około 180 osób. W grupie tej byli przede wszystkim kardynałowie, ale także przełożeni zgromadzeń franciszkanów, ojciec Jose Rodriguez Carbalho, i jezuitów ksiądz Alfonso Nicolas. Nowy papież przybrał imię na część Franciszka z Asyżu a sam jest jezuitą.

Liturgia mszy została nieco skrócona i zmieniona. Papież Franciszek nie udzielał komunii, nie było też uroczystej procesji z darami. Fragment Ewangelii według świętego Mateusza o zwiastowaniu narodzin Chrystusa był śpiewany po grecku. Wykonał go grecki diakon Valter Volochen. Franciszek miał na sobie prosty, kremowy ornat bez ozdób, paliusz i białą piuskę.

W homilii Franciszek przywołał swojego patrona - świętego Franciszka z Asyżu. Nawiązał też do przypadającej dziś uroczystości świętego Józefa. Przypomniał, że był on opiekunem Maryi i Jezusa, a teraz jest opiekunem Kościoła. Franciszek podkreślił, że powołaniem wszystkich, nie tylko chrześcijan, jest troska o bliźnich i o dzieło stworzenia. Chodzi o "strzeżenie ludzi, troszczenie się z miłością o wszystkich, każdą osobę, zwłaszcza o dzieci i osoby starsze". Papież wezwał wszystkich, "którzy zajmują odpowiedzialne stanowiska w dziedzinie gospodarczej, politycznej i społecznej", aby byli opiekunami stworzenia, Bożego planu wypisanego w naturze, bliźniego i środowiska. Dodał jednak, że aby "strzec, musimy też troszczyć się o nas samych! Pamiętajmy, że nienawiść, zazdrość, pycha zanieczyszczają życie!" - ostrzegł papież.

Mówiąc o inauguracji swego pontyfikatu Franciszek podkreślił, że "prawdziwą władzą jest służba i że także papież, by wypełniać władzę musi coraz bardziej wchodzić w tę posługę, która - jak mówił - ma swój świetlisty szczyt na krzyżu". Dodał, że papież powinien tak jak święty Józef "otwierać ramiona, aby strzec całego Ludu Bożego i przyjąć z miłością i czułością całą ludzkość, zwłaszcza najuboższych, najsłabszych, najmniejszych, tych których święty Mateusz opisuje w sądzie ostatecznym z miłości: głodnych, spragnionych, przybyszów, nagich, chorych, w więzieniu. Tylko ten, kto służy z miłością potrafi strzec!”

Uroczystą mszę zakończyło odśpiewanie hymnów „Salve Regina” i „Te Deum”.

Na placu świętego Piotra obecnych było wielu pielgrzymów z Argentyny, Brazylii i Meksyku. W tłumie widać też było kilka polskich flag.

Oprócz wiernych, na placu świętego Piotra były też delegacje 132 państw, wśród nich sześciu monarchów, wiceprezydent Stanów Zjednoczonych Joe Biden, prezydent Włoch Giorgio Napolitano i prezydent Argentyny Cristina Fernandez de Kirchner. Do papieża podszedł też prezydent Bronisław Komorowski wraz z małżonką. Papież przez kilka minut rozmawiał najpierw z prezydentem, a potem z Anną Konorowską. Prezydencką parę przedstawił Franciszkowi ksiądz prałat Paweł Ptasznik, współpracownik Jana Pawła II i Benedykta XVI. Ksiądz Ptasznik odpowiadał w watykańskim Sekretariacie Stanu między innymi za przekłady tekstów Benedykta XVI na język polski.

We mszy pontyfikalnej wzięli także przedstawiciele innych wyznań chrześcijańskich. Obecni byli hierarchowie kościołów wschodnich z Rosji, Armenii, Serbii, Grecji, Rumunii czy Cypru. Wyjątkowo szczególna była obecność patriarchy Konstantynopola Bartłomieja I, bo to pierwszy taki przypadek od niemal tysiąca lat.

Na placu świętego Piotra byli także przedstawiciele Kościołów luterańskiego, anglikańskiego jak również baptyści i metodyści. W Watykanie są też Naczelny Rabin Rzymu, przedstawiciele organizacji żydowskich z całego świata, a także muzułmanie i buddyści.

Na krótko przed rozpoczęciem mszy papież połączył się telefonicznie z wiernymi zgromadzonymi w Buenos Aires. "Pięknie jest modlić się, spoglądać w niebo, wejrzeć do własnego serca i wiedzieć, że mamy dobrego Ojca, którym jest Bóg" - mówił Franciszek.