Przez historyczne wejście, na którym widnieje napis "Arbeit macht frei", papież przeszedł pieszo, w samotności i ciszy. Tuż za bramą po raz pierwszy się zatrzymał. Usiadł na ławce, w tym samym miejscu, gdzie kiedyś stała orkiestra obozowa, grająca podczas wyprowadzania i przyprowadzania więźniów z niewolniczej pracy. Tam Franciszek modlił się. Później ucałował drewniany słup szubienicy znajdującej się na placu apelowym.
W pamięci wiernych pozostanie też obraz Franciszka modlącego się w samotności i niemal w ciemności w celi męczeńskiej śmierci ojca Maksymiliana Kolbego, znajdującej się w bloku 11.
Później papież złożył wpis w księdze pamiątkowej Muzeum Auschwitz. "Panie, miej miłosierdzie nad Twym ludem! Panie, przebacz tak wielkie okrucieństwo!" - napisał. Przed Ścianą Straceń na dziedzińcu bloku 11 - zwanego blokiem śmierci, papież rozmawiał się z 12 więźniami obozu - Polakami, Żydami i Sinti.
Następnie papież przejechał w kolumnie do byłego obozu Auschwitz-Birkenau; meleksem przewieziono go wzdłuż rampy; pieszo, w skupieniu, z prawą dłonią na papieskim krzyżu przeszedł wzdłuż monumentu upamiętniającego ofiary obozu. Ustawił przed nim znicz i ponownie długo się modlił.
Przy pomniku, rozpościerającym się między ruinami dwóch największych obozowych komór gazowych i krematoriów, nie wygłoszono żadnych przemówień. Naczelny rabin Polski Michael Schudrich po hebrajsku odśpiewał Psalm 130, zatytułowany „Z otchłani grzechu ku Bożemu miłosierdziu”. Po polsku ten sam Psalm odczytał ksiądz Stanisław Ruszała, proboszcz z Markowej - miejscowości, skąd pochodziła rodzina Ulmów, zamordowana za ukrywanie Żydów. "Z głębokości wołam do Ciebie, Panie; o Panie, słuchaj głosu mego; Nachyl swe ucho na głos mojego błagania; Jeśli zachowasz pamięć o grzechach, Panie; Panie, któż się ostoi" - brzmi Psalm.
Papież spotkał się też ze Sprawiedliwymi wśród Narodów Świata. Każdego z nich uściskał i błogosławił. W uroczystości, która przebiegała w milczeniu, uczestniczyło ok. tysiąca osób.