Jacek Woźniakowski urodził się 23 kwietnia 1920 r. w Biórkowie, w rodzinie ziemiańskiej, był prawnukiem malarza Henryka Rodakowskiego i wnukiem ekonomisty, taternika i pioniera ochrony przyrody Jana Gwalberta Pawlikowskiego.
Uczył się w szkole księży Marianów w szwajcarskim Fryburgu oraz w gimnazjum w Rabce, gdzie w 1938 r. uzyskał maturę. Ukończył Szkołę Podchorążych Rezerwy Kawalerii w Grudziądzu i jako podchorąży 8. Pułku Ułanów uczestniczył w Kampanii Wrześniowej, w której został ranny. Był działaczem konspiracyjnej organizacji "Tarcza", a później adiutantem komendanta mieleckiego obwodu AK. Po wojnie ukończył polonistykę na Uniwersytecie Jagiellońskim.
Był kierownikiem zespołu tłumaczy brytyjskiego tygodnika Foreign Office "Głos Anglii". Od 1945 r. współpracował z "Tygodnikiem Powszechnym", a 1948 r. był sekretarzem redakcji tego pisma, później także zastępcą redaktora naczelnego.
W latach 1957-59 Woźniakowski był redaktorem naczelnym miesięcznika "Znak". Był jednym z założycieli powstałego w 1959 r. w Krakowie Wydawnictwa Znak, jego wieloletnim dyrektorem i redaktorem naczelnym. Dla "Tygodnika Powszechnego" relacjonował trzecią sesję Soboru Watykańskiego II.
Od 1953 r. do 1991 r. Jacek Woźniakowski wykładał na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim. Mimo posiadania od 1973 r. tytułu doktora habilitowanego aż do roku 1980 z przyczyn politycznych nie otrzymał stanowiska docenta. W roku 1980 został mianowany na profesora nadzwyczajnego, a dziesięć lat później uzyskał tytuł prof. zwyczajnego.
Woźniakowski należał do Komitetu Obywatelskiego przy Przewodniczącym NSZZ "Solidarność". Uczestniczył w obradach Okrągłego Stołu. Był pierwszym po upadku komunizmu prezydentem Krakowa (1990-91).
W latach 1999-2000 wykładał w Katedrze Historii i Kultury Polskiej na Uniwersytecie Hebrajskim w Jerozolimie.
Uczestniczył w zakładaniu Klubów Inrteligencji Katolickiej w Krakowie i Warszawie; należał do Papieskiej Rady ds. Kultury, Społecznego Komitetu Odnowy Zabytków Krakowa, był współzałożycielem i wykładowcą Towarzystwa Kursów Naukowych, które sprawowało pieczę nad nielegalnym "latającym uniwersytetem".
Był także przewodniczącym Rady Fundacji i jury Nagrody im. Kościelskich. Przewodniczył Radzie Fundatorów Międzynarodowego Centrum Kultury w Krakowie oraz Zarządowi Stowarzyszenia Willa Decjusza.
Był wiceprzewodniczącym Polskiego Komitetu UNESCO.
Jest autorem wielu cenionych i lubianych przez czytelników książek, wśród nich m.in."Laik w Rzymie i Bombaju"(1965); Co się dzieje ze sztuką" (1974); "Tatry w poezji i sztuce polskiej" (1975); "Czy artyście wolno się żenić?" (1978); "Swieccy" (1987; "Czy kultura jest do zbawienia koniecznie potrzebna?" (1988).
Za "Zapiski kanadyjskie" (1973) otrzymał Nagrodę Polskiego PEN-Clubu im. Mieczysława B. Lepeckiego, a za "Co się dzieje ze sztuką" (1974) Nagrodę Polskiego PEN-Clubu im. Mieczysława Pruszyńskiego.
Dwukrotnie został odznaczony Krzyżem Walecznych. Otrzymał Złoty Krzyż Zasługi, francuską Komandorię Palm Akademickich i order Legii Honorowej, Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski. Był doktorem honoris causa Katolickiego Uniwersytetu w Leuven (Belgia) i laureatem srebrnego medalu Cracoviae Merenti przyznawanego za zasługi dla miasta.
W 2006 roku prezydent Lech Kaczyński odznaczył Jacka Woźniakowskiego Krzyżem Komandorskim z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski za wybitne zasługi dla rozwoju polskiej demokracji, za działalność na rzecz dialogu i dobra wspólnego.