Rok później trafił za kratki i został oskarżony o terroryzm. Znalazł się wśród 47 osób na których wykonano karę śmierci za działalność terrorystyczną. Egzekucji dokonano w 12 różnych miejscach w Arabii Saudyjskiej. Wśród zabitych znalazły się także osoby oskarżone o współudział w zamachach z 2003 roku, których autorem miała być Al-Kaida.
Śmierć duchownego wywołała ostry protest rządzonego przez szyitów Iranu. MSZ w Teheranie napisało w oświadczeniu, że Arabia Saudyjska "zapłaci" za egzekucję Nimra. Charge d’affaires saudyjskiej ambasady w Teheranie został wezwany na rozmowę do MSZ. "Saudyjska rodzina królewska zostanie za to wymazana z kart historii" - tak jeden z duchowych przywódców Iranu Mohammad Chatami zareagował na informację o egzekucji. Chatami zaapelował do wyznawców islamu na całym świecie o potępienie saudyjskich władz. Szyicki Iran to głównym rywal w regionie rządzonej przez sunnitów Arabii Saudyjskiej. .
Egzekucję potępili też szyici w Iraku oraz Libanie. Jeden z członków szyickiej koalicji rządzącej Irakiem ostrzegł, że wykonanie wyroku śmierci na popularnym duchownym "wywoła pożar w całym regionie". A Najwyższa Rada Szyicka Libanu nazwała tę decyzję "wielkim błędem". Prominentny iracki duchowny Moktada al-Sadr wezwał do demonstracji w państwach Zatoki Perskiej i w Iraku, by okazać swój sprzeciw.
Jemeńscy szyici nazwali al-Nimra "świętym bojownikiem", a sąd nad nim "farsą i jawnym naruszeniem praw człowieka". W Bahrajnie policja użyła gazu łzawiącego, by rozproszyć demonstrację przeciwników egzekucji al-Nimra.
Stracenie szejka potępił też m.in. libański szyicki Hezbollah. W zdominowanej przez szyitów wschodniej prowincji Arabii Saudyjskiej doszło nawet do rzadkiej w tym kraju antyrządowej demonstracji.
Philip Luther, dyrektor departamentu Bliskiego Wschodu i Afryki Północnej Amnesty International, oświadczył, że władze Arabii Saudyjskiej wykorzystują egzekucje do realizacji swoich celów politycznych. Jego zdaniem, zabicie wpływowego szyickiego szejka może być próbą zdławienia i wyciszenia krytyki, formułowanej wobec władz Arabii Saudyjskiej przez szyicką mniejszość. Zwrócił też uwagę, że procesy ściętych za terroryzm osób były z jednej strony upolitycznione, a z drugiej - niesprawiedliwe, bo stanowiły pogwałcenie międzynarodowych standardów uczciwego sądownictwa. Mogherini zaznaczyła, że egzekucja szyickiego duchownego pokazuje, że takie wartości jak wolność wypowiedzi i poszanowanie podstawowych praw człowieka powinny być chronione w każdej możliwej sytuacji, również w wojnie z terroryzmem. Zdaniem szefowej dyplomacji Unii Europejskiej, ta sprawa może spowodować wzrost napięcia w regionie, już teraz podzielonym religijnie.
Mogherini powtórzyła też, że Unia Europejska stanowczo sprzeciwia się karze śmierci, a zwłaszcza masowym egzekucjom.
Arabia Saudyjska to jeden z krajów, gdzie wykonuje się najwięcej egzekucji. W ubiegłym roku wykonano co najmniej 157 wyroków śmierci.
Z kolei szyicki Iran to głównym rywal rządzonej przez sunnitów Arabii Saudyjskiej w regionie.