Na każdym szkoleniu i konferencji ich uczestnicy poruszają niezwykle ważny temat: chodzi o ryzyko związane z odliczeniem VAT z faktur, które będą wpływały różnymi drogami, a dokładniej – z dokumentów, których tylko część będzie fakturami. W teorii problem nie powinien w ogóle występować, bo przecież faktury ustrukturyzowane będą wpływały do krajowego czynnego podatnika VAT wyłącznie za pośrednictwem KSeF (z zastrzeżeniem niektórych przypadków doręczeń w razie awarii). W praktyce może on jednak wystąpić i obawy podatników i księgowych nie są na wyrost. Owszem, w kolejnych latach z pewnością będzie coraz lepiej, ale jest to na razie jedynie obietnica.
Wcześniej czeka nas 2026 r. ze swoimi przepisami przejściowymi. Rok, w którym niedochowanie zasad fakturowania ustrukturyzowanego, w tym całkowite jego niestosowanie, nie będzie sankcjonowane, co samo w sobie dla części podatników, tych mniej zdyscyplinowanych, a może „wiecznie zajętych”, jest swoistym przyzwoleniem na niestosowanie faktur ustrukturyzowanych. Oczywiście, należy liczyć się z tym, że niektórych spośród nich do prawidłowego stosowania faktur ustrukturyzowanych zmotywują… ich kontrahenci. Taki skutek może przynieść prosty, a jednocześnie dość często stosowany w praktyce zapis umowny, w myśl którego termin płatności liczony jest od momentu doręczenia prawidłowo wystawionej faktury. W takiej sytuacji – przy braku odmiennych zastrzeżeń – nabywca może uznać, że tak długo, jak długo nie otrzyma od polskiego dostawcy/świadczącego usługę faktury ustrukturyzowanej, termin płatności nie biegnie i nie musi płacić za zakupione świadczenia. To w istocie może zachęcić do wdrożenia i stosowania fakturowania ustrukturyzowanego.
Księgowi w gąszczu różnych dokumentów
Ewentualne zmotywowanie kontrahentów do korzystania z KSeF nie zmienia jednak ogólnej perspektywy fakturowej w 2026 r. Oprócz bowiem wystawionych zgodnie z przepisami i doręczonych za pośrednictwem KSeF faktur ustrukturyzowanych, podatnicy i ich księgowi muszą liczyć się z tym, że część faktur całkiem legalnie będzie wystawiana w innej formule jako faktury elektroniczne, a nawet papierowe (faktury tzw. wykluczonych). Jakby tego było mało, będą również:
- paragonofaktury (czyli paragony dokumentujące transakcje na kwotę brutto nie wyższą niż 450 zł/100 euro z NIP nabywcy),
- faktury wystawiane z kas rejestrujących, które również do końca 2026 r., bez względu na to, na jaką kwotę opiewają, zachowają swój status legalnego dokumentu.
Oprócz tych zgodnych z prawem dokumentów potwierdzających zakup i stanowiących faktury wpływać będą potwierdzenia zakupu, wizualizacje (zarówno te wystawione prawidłowo, z kodami QR, jak i te niespełniające wymogów normatywnych) i faktury wystawione bez wykorzystania KSeF, z których również – jak to potwierdza dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej w wydawanych interpretacjach indywidualnych – podatnik będzie mógł rozliczać VAT naliczony, stosując ogólne zasady.
Nic dziwnego, że wobec takiej perspektywy dla wielu osób zajmujących się rozliczeniami podatkowymi, zwłaszcza prowadzących biura rachunkowe lub w nich zatrudnionych (gdzie mają do czynienia z różnymi podatnikami), 2026 r. jawi się jako rok, w którym zostanie przed nimi postawiony swoisty tygiel, z którego trzeba będzie wyławiać dokumenty będące fakturami stanowiącymi podstawę do odliczenia VAT i oddzielać je od tych, które takiej funkcji nie mają.
Co może zrobić biuro rachunkowe
Jeszcze bardziej istotne (a zawsze było to bardzo ważne zagadnienie) jest to, aby prawidłowo były ukształtowane zasady obiegu dokumentów i podróżujących na nich danych, a fundamentalne wręcz znaczenie mają opisy i akceptacje merytoryczne.
Nie wyobrażam sobie tego, że właściciele oraz pracownicy biur rachunkowych (ale i pracownicy wewnętrznej księgowości podatników) przetrwają 2026 r. bez uszczerbku na zdrowiu, nie mając uporządkowanych relacji z klientami (w wewnętrznych księgowościach z pracownikami innych działów) i odpowiednio ustawionych procesów – czyli czegoś, co już dawno było bardzo ważne i zapewne w wielu przypadkach już działa, a teraz tylko zostanie poddane weryfikacji pod względem aktualności.
Podstawowa zasada, bezwzględnie stosowana, powinna być taka, że żaden dokument nie może być uwzględniony, żaden wpis dokonany po stronie zakupów w ewidencji prowadzonej dla potrzeb VAT – bez uprzedniej jego akceptacji przez osobę merytoryczną, bez opisu, co to jest za zakup i czemu służy. Wymaganie nie jest nowe, ale czy zawsze bezwzględnie stosowane?
Przy dochowaniu takiej reguły to osoba merytoryczna nie tylko ocenia, czy świadczenie faktycznie było zakupione, czy dane podane w dokumencie są prawidłowe, lecz przede wszystkim ma wychwycić, że potwierdza on zakup wcześniej już uwzględniony na podstawie innego dowodu księgowego.
Uwaga! Nie do zaakceptowania jest pomysł (a że tak jest, często wskazują osoby prowadzące lub zatrudnione w biurach rachunkowych), że księgowy pobierze dokument zakupowy z KSeF i następnie „obrobi” go, by uwzględnić w rozliczeniu podatkowym. I musi być jasne, że chodzi nie tylko o rozliczenie VAT naliczonego, ale również o uwzględnienie w rachunku podatkowym kosztów uzyskania.
Tym, w czym osobie merytorycznej dokonującej weryfikacji (klientowi) może pomóc księgowy, jest ocena, czy dany dokument, który nie zostanie dostarczony przez KSeF, jest czy nie jest dowodem spełniającym wymogi formalne do uznania go za inny rodzaj faktury niż ustrukturyzowana. Ale z pewnością nie może to oznaczać, że osoba zajmująca się podatkami będzie prowadziła dochodzenie, aby ustalić, czy ta sama czynność nie była już dokumentowana inną fakturą, w tym ustrukturyzowaną.
Zakres odpowiedzialności
Jeżeli dokument jest zaakceptowany, a opis wskazuje na związek zakupu z czynnościami z prawem do odliczenia VAT i do rozliczenia kosztu podatkowego, księgowy – czy to z biura rachunkowego, czy z księgowości wewnętrznej – uwzględnia go w rozliczeniu.
Ważne
Gdyby okazało się, że doszło do podwójnego odliczenia VAT, rozliczenia kosztów, to odpowiedzialność za to spoczywa na osobie, która dokonując oceny merytorycznej, dopuściła więcej niż jeden dokument potwierdzający zakup.
Nawet gdyby okazało się, że oba dokumenty mają taki sam numer, a z jakiegoś powodu system informatyczny tego nie wychwycił (np. różnica w separatorach), nie zmienia to zasad odpowiedzialności!
Przykład 1Zakup uwzględniony dwukrotnie w rozliczeniach
Podatnik korzysta z usług biura rachunkowego. Wszystkie rozliczenia podatkowe zakupów dokonywane są wyłącznie na podstawie faktur zaakceptowanych przez podatnika. We wrześniu 2026 r. podatnik otrzymał informację z urzędu skarbowego, że w JPK_V7M za kwiecień dokonał odliczenia z faktury niewykazanej przez sprzedawcę. Po analizie okazało się, że to przypadek, w którym kontrahent przesłał e-mailem dwa dokumenty potwierdzające zakup, oba zostały zaakceptowane przez podatnika i przesłane do księgowej, która uwzględniła je w JPK_V7M. W tej sytuacji konieczna była korekta i zapłata zaległości wraz z odsetkami, ale odpowiedzialność za to w całości spoczęła na samym podatniku.
Dodatkowo należy wskazać na problemy wynikające z przyjaznego nastawienia ustawodawcy do podatników, w ramach którego w 2026 r. nie będzie sankcjonowane naruszenie obowiązku stosowania faktur ustrukturyzowanych, a odliczenie będzie możliwe również z faktur innych niż ustrukturyzowane (chociaż według treści decyzji derogacyjnej polski prawodawca jest umocowany do tego, by w relacji pomiędzy podatnikami nie uznawać za faktury innych dokumentów niż faktury ustrukturyzowane i zakazać odliczania VAT z innych dowodów, to faktycznie tego nie uczynił). Chodzi o przypadek, w którym podatnik otrzyma fakturę zakupową inną niż ustrukturyzowana, po weryfikacji odliczy z niej VAT naliczony, a następnie np. w kolejnym miesiącu wpłynie do niego za pośrednictwem KSeF dokument – nawet dokładnie ta sama faktura – ale będący fakturą ustrukturyzowaną (w tym offline24).
W takiej sytuacji, zwłaszcza wobec przesunięcia czasowego, konieczna będzie korekta. Nawet jeżeli zadziała procedura, system sprawdzi się i osoba merytoryczna wychwyci podwójne dokumentowanie, może wystąpić konieczność zapłaty odsetek powodowana przesunięciem czasowym, zawiniona przez… ustawodawcę.
Przykład 2Opóźnienie we wdrożeniu systemu u kontrahenta
W maju 2026 r. podatnik otrzymał e-mailem dokument, który był zatytułowany jako faktura i tak też wyglądał. Za podpowiedzią doradcy podatkowego podatnik zwrócił się do wystawcy z pytaniem, co to za dokument, czy jest to może niepełna wizualizacja i czy otrzyma fakturę za pośrednictwem KSeF. Kontrahent odpowiedział, że nie zdążył wdrożyć systemu i na razie nie wystawia faktur ustrukturyzowanych. W związku z taką informacją podatnik dokonał weryfikacji merytorycznej dokumentu i przekazał do biura rachunkowego do rozliczenia. Na podstawie tego dokumentu został rozliczony VAT naliczony i koszty. Na początku lipca za pośrednictwem KSeF podatnik otrzymał ten sam dokument, z takim samym numerem, datami, kwotami itp. W odpowiedzi na pytanie kontrahent wyjaśnił, że jednak udało mu się wdrożyć fakturowanie ustrukturyzowane i jednocześnie wcześniej wystawione faktury, które były do tego przygotowane, zostały przesłane do KSeF jako faktury ustrukturyzowane wystawione w trybie offline24, by w systemie był komplet danych. W takiej sytuacji podatnik poinformował biuro rachunkowe o otrzymanej fakturze. Księgowa zwróciła się do doradcy podatkowego z pytaniem, co ma zrobić i otrzymała odpowiedź, że co prawda taka sytuacja nie jest wprost regulowana w ustawie, ale skoro jest to faktura ustrukturyzowana (również offline24), to datą jej doręczenia jest data nadania numeru KSeF, czyli lipcowa. Doradca uznał, że zasadne jest odliczenie VAT z faktury ustrukturyzowanej, ale to oznacza konieczność korekty rozliczenia za maj, zmniejszenia VAT naliczonego i dopłaty zaległości wraz z odsetkami. Odliczenie z faktury ustrukturyzowanej może być dokonane dopiero w JPK_V7M za lipiec. To oznacza, że dzięki stosowanym procedurom udało się uniknąć podwójnego odliczenia, ale nie udało się uniknąć zaległości i odsetek od niej.