Marek Komorowski związany był z Rządowym Centrum Bezpieczeństwa od marca 2010 r. Od grudnia 2010 r. pełnił obowiązki dyrektora, a od czerwca 2012 r. kierował Centrum jako dyrektor.
Pod kierownictwem dyrektora Komorowskiego, Rządowe Centrum Bezpieczeństwa przygotowało kilka strategicznych, z punktu widzenia zarządzania kryzysowego, dokumentów. Najważniejszym z nich, jest opracowany po raz pierwszy w Polsce – Narodowy Program Ochrony Infrastruktury Krytycznej (NPOIK).
NPOIK określa zasady ochrony infrastruktury krytycznej (IK) oraz współpracy właścicieli IK z administracją publiczną. Jest to dokument nowatorski i wyjątkowy. Jego wyjątkowość polega m.in. na bezsankcyjnym, opartym na zaufaniu i współpracy administracji publicznej z właścicielami i posiadaczami obiektów IK, podejściu do ochrony infrastruktury krytycznej. Został także opracowany jednolity wykaz obiektów IK - czytamy an stronie internetowej Rządowego Centrum Bezpieczeństwa.