Według szacunków Najwyższej Izby Kontroli ponad dwuletnie opóźnienie nowego systemu poboru opłat e-TOLL spowodowało obniżenie potencjalnych wpływów do Krajowego Funduszu Drogowego o ponad 573 mln zł. To wynika z nierozszerzenia w 2019 r. sieci płatnych dróg o ok. 1050 km. W dodatku, jak przypomina NIK w raporcie na temat wdrażania nowego systemu, w początkowym okresie e-TOLL nie zapewniał poboru opłat za przejazd pojazdów lekkich autostradą, uiszczania opłaty elektronicznej przy użyciu kart flotowych oraz możliwości korzystania z EETS, czyli usługi umożliwiającej pobór opłat na terenie Unii Europejskiej przy użyciu jednego urządzenia zainstalowanego w pojeździe.

„Kłopoty z niezapewnieniem właściwego poziomu usług przez system e-TOLL spowodowały dwukrotne przedłużenie funkcjonowania poprzedniego systemu viaTOLL. Przez trzy miesiące oba systemy funkcjonowały jednocześnie. W konsekwencji Skarb Państwa pokrył dodatkowe koszty działania viaTOLL w szacunkowej kwocie 73,6 mln zł. Plusem w tej sytuacji było to, że utrzymana została ciągłość opłat” – czytamy w raporcie izby.
W ocenie NIK mimo opóźnienia i strat decyzje o zastąpieniu starego, opartego na komunikacji mikrofalowej systemu viaTOLL nowym systemem, wykorzystującym technologię satelitarnego pozycjonowania pojazdów – należy ocenić pozytywnie. Przede wszystkim zapewnił on łatwe i tanie rozszerzanie sieci dróg podlegających opłacie elektronicznej, bez konieczności budowy i utrzymywania bramownic, usprawnił wprowadzanie zmian w taryfikatorze opłat oraz zwiększył przepustowość na autostradach płatnych.
Objęcie systemem pojazdów osobowych pozwoliło na likwidację bramek na zarządzanych przez państwo odcinkach autostrad A2 i A4, na których opłata była pobierana manualnie. Obecnie przy wjeździe na odcinek płatny pojazdy tylko zwalniają przed bramkami, gdzie kamery sczytują numery rejestracyjne w celu weryfikacji, czy opłata została wniesiona elektronicznie, np. przez aplikację lub wykupienie biletu autostradowego.
Izba rekomenduje jednak przeprowadzenie badań, jaki wpływ na bezpieczeństwo ruchu drogowego, zwłaszcza w przypadku pojazdów ciężkich, ma używanie podczas jazdy aplikacji mobilnej do wnoszenia opłat.