Mimo wszelkich poszlak, że Madeleine porwano w maju 2007 roku z hotelu w kurorcie Praia da Luz, prowadzący śledztwo inspektor Gonçalo Amaral uparcie kierował podejrzenia w stronę rodziców. Zamiast natychmiast obstawić granicę portugalsko-hiszpańską i iść świeżym tropem wskazanym przez świadków, miejscowa policja bezpodstawnie uznała, że Madeleine nie żyje.
W 2008 roku zdjęto z McCannów odium podejrzeń, a Amaral podał się do dymisji. Napisał jednak książkę "Prawda o kłamstwie", w której zawarł swoje podejrzenia. Stała się ona w Portugalii bestsellerem i w swoim wyroku sąd nie tylko ukarał autora za zniesławienie państwa McCann, ale zakazał też wydawcy wznawiania nakładu i dystrybucji filmu dokumentalnego opartego na teoriach inspektora.
Tymczasem dochodzenie w sprawie zaginięcia Madeleine toczy się nadal. Zamknięte w Portugalii, zostało wznowione w 2011 roku przez Scotland Yard, a potem podjęła je również na nowo portugalska policja.