Prokuratura Generalna uznała, że decyzja Prokuratury Rejonowej Warszawa-Śródmieście z 31 marca, aby nie wszczynać postępowania w sprawie rozliczeń podróży marszałka Sejmu, była przedwczesna i postępowanie należy rozpocząć. Przemysław Nowak powiedział, że Prokuratura Okręgowa podejmie decyzję w tej sprawie, gdy otrzyma stanowisko Prokuratury Generalnej. Podkreślił, że stanowisko to nie jest wiążące, a Prokuratura Generalna nie może wydawać poleceń Prokuraturze Okręgowej. Przemysław Nowak dodał, że decyzja o odmowie wszczęcia śledztwa oznacza, iż prokurator nie doszukał się w sprawie znamion przestępstwa.
Nowak nie zgodził się z opiniami polityków opozycji, że Prokuratura Okręgowa i Prokuratura Rejonowa Warszawa-Śródmieście nie radzi sobie ze sprawą Sikorskiego. Powiedział, że uważa decyzję o odmowie wszczęcia śledztwa za właściwą. Nowak zwrócił uwagę, że także Prokurator Generalny nie uważa jej za błędną, ale za "przedwczesną".
Rzecznik Prokuratury Okręgowej powiedział, że prowadzi ona postępowania sprawdzające w sprawie innych zawiadomień, złożonych w listopadzie. Dotyczą one nieprawidłowości przy rozliczaniu ryczałtu na prowadzenie biura poselskiego przez Sikorskiego i w pewnym zakresie pokrywają się z treścią zawiadomienia złożonego w marcu. W ramach postępowania
Prokuratura wysłała między innymi pismo do szefa Biura Ochrony Rządu z prośbą o informację, czy w latach 2009-13 minister spraw zagranicznych Radosław Sikorski rezygnował z ochrony BOR-u. Prokuratura bada też sprawę urodzin ministra Sikorskiego w pałacyku MON w Helenowie pod Warszawą. W tej kwestii zwróciła się o informacje do Ministerstwa Obrony Narodowej.