Do 2005 roku kardynał Sepe był prefektem potężnej Kongregacji Ewangelizacji Narodów, dysponującej ogromnym majątkiem w nieruchomościach usytuowanych w Rzymie i okolicach, szacowanym na 9 miliardów euro.
Toczące się od kilku miesięcy dochodzenie w sprawie korupcji towarzyszącej organizacji wielkich wydarzeń, takich jak ostatecznie odwołany szczyt G8 na wyspie Maddalena, ujawniło sieć powiązań między głównym podejrzanym, byłym szefem rządowej rady do spraw robót publicznych Angelo Balduccim a dostojnikami z Watykanu, między innymi kardynałem Sepe.
Zarzuty wobec Sepe dotyczą sprzedaży i restrukturyzacji niektórych nieruchomości, będących własnością kongregacji, którą kierował. Balducci był zaś konsultantem tego watykańskiego urzędu i, jak twierdzi włoska prasa, praktycznie zarządzał jej kamienicami i mieszkaniami przyznając je bądź sprzedając na przykład włoskim urzędnikom państwowym.
Kardynał Sepe zasłynął przede wszystkim w przeszłości jako reżyser obchodów Wielkiego Jubileuszu Roku 2000 za pontyfikatu Jana Pawła II. Pełniąc funkcję sekretarza generalnego komitetu organizacyjnego Roku Świętego dysponował ogromnym funduszem i współpracował ściśle z Angelo Balduccim, który otrzymał potem honorowy tytuł Szlachcica Jego Świątobliwości. Watykan odebrał go Balducciemu, gdy w lutym tego roku został aresztowany.
Prowadząca śledztwo prokuratura w Perugii objęła nim także w sobotę byłego ministra ds. robót publicznych w poprzednim rządzie Silvio Berlusconiego - Pietro Lunardiego. Media ujawniły, że kupił on od Kongregacji Ewangelizacji Narodów kamienicę w centrum Rzymu za sumę znacznie niższą od jej realnej wartości.
Włoskie media informują o szoku, jaki w Neapolu wywołała wiadomość o dochodzeniu wobec metropolity.
Ansa przytoczyła opinię miarodajnych źródeł watykańskich o tym, że kardynał Sepe "wyjaśni swą sytuację". Watykan wyraził jednocześnie nadzieję na "spokojny" przebieg śledztwa.